Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A6 F28 I1 R2	90	19.5	1203533	67.3%	809977	57.3

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	717,774	A→C	E47D (GAA→GAC)	mviM →	predicted oxidoreductase, NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	717,774	0	A	C	83.9%	556.8 / 64.7	186	E47D (GAA→GAC)	mviM	predicted oxidoreductase, NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/30); new base C (0/156); total (0/186)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.56e-01

Only 100 of 186 total aligned reads displayed.

GTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCATTCCTTATGCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGC  >  minE/717723‑717818

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCTTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:249951/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:252974/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:790587/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:127622/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:197402/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:647644/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:633914/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:768581/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:92245/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:456670/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:93796/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:938154/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:1002653/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:55944/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:552455/62‑1 (MQ=255)

gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:51379/62‑1 (MQ=255)

              ggTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa                                    <  1:1193813/48‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGTCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:355580/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCATTTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:546272/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCTGCCTTgccgc  <  1:1076874/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:741901/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:776081/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:738398/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:701359/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:696479/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:665513/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:656810/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:631147/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:616187/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:59634/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:586264/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:585528/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:571618/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:880815/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:986228/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:981270/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:963159/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:960219/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:945660/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:942476/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:936387/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:910017/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:893255/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:885668/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:750582/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:874334/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:858744/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:835245/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:81714/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:810388/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:805197/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:789018/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:485504/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:762752/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:758806/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1121266/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:178858/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:155219/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:141377/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:126745/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1186864/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1178684/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1167546/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1156551/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:114416/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1134988/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:214580/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1110295/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1105016/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1098373/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1082226/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1081804/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1062198/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1052907/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1034493/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1013040/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1005634/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:40477/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:50/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:488896/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:480789/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:442744/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:425392/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:421684/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:420381/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:410719/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:407769/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:403480/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:395712/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:363568/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:340415/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:334717/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:318491/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:284290/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:277959/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:240238/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:236440/62‑1 (MQ=255)

                                  gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGATATCCAGCCTTgccgc  <  1:611588/62‑1 (MQ=255)

                                   ccttGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:530131/58‑1 (MQ=255)

                                   ccttGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc  <  1:1080588/58‑1 (MQ=255)

GTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCATTCCTTATGCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGC  >  minE/717723‑717818

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A