Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I1 R2 90 19.5 1203533 67.3% 809977 57.3

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,889,842 C→T R126H (CGT→CAT)  msrA ← methionine sulfoxide reductase A

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,889,8420CT100.0% 288.5 / NA 87R126H (CGT→CAT) msrAmethionine sulfoxide reductase A
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (14/73);  total (14/73)

GGTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGACGCATTCCCTGGGCGGGATC  >  minE/2889790‑2889861
                                                    |                   
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:724447/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:540039/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:578217/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:488331/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:372850/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:337874/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:768897/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:785286/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:832495/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:1095289/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:853137/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:92636/1‑62 (MQ=255)
ggTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCt            >  1:1019622/1‑62 (MQ=255)
cgTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTTGTCATTGCCATGATGCAttac              >  1:453840/2‑58 (MQ=255)
       ggATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCC‑‑‑GTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:704630/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:606707/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:612746/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:588351/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:998675/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:617885/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:626119/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:642637/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:6715/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:672241/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:680227/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:983187/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:568547/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:681595/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:998847/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:708968/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:710317/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:723463/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:723592/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:522230/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:727338/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:757407/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:762447/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:763723/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:917496/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:769776/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:773951/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:77725/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:855729/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:814962/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:823162/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:1167514/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:523684/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:270979/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:270123/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:267481/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:249930/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:217557/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:168683/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:163415/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:130823/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:277245/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:1164877/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:1099970/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:1096674/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:1081442/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:1073128/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:1033847/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:1032509/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:1011529/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:101100/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:399218/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:1006946/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:518795/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:511715/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:491171/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:490601/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:448974/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:43457/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:427842/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:398399/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:385414/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:370847/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:357790/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:353967/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:314738/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:289539/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:283956/62‑1 (MQ=255)
          tAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCACTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:815630/62‑1 (MQ=255)
           aaaTCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:632513/61‑1 (MQ=255)
                   gAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:1368/53‑1 (MQ=255)
                     aCGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:72366/51‑1 (MQ=255)
                             gCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGATGCATTCCCTGGGCGGGATc  <  1:682283/43‑1 (MQ=255)
                                                    |                   
GGTCAGCGGATAAATCGCTGAACGATACTGCGTGCCGTGGTCATTGCCCTGACGCATTCCCTGGGCGGGATC  >  minE/2889790‑2889861

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A