Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I0 R2
|
251 |
90.0 |
5200563 |
86.9% |
4519289 |
59.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,763,558 |
G→C |
18.2% |
noncoding (286/1542 nt) |
rrsG ← |
16S ribosomal RNA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,763,558 | 0 | G | C | 18.2%
| 345.4
/ 57.9
| 138 | noncoding (286/1542 nt) | rrsG | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/62); new base C (7/18); total (57/81) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.95e-01 |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAA > minE/1763502‑1763626
|
ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg > 1:3700193/1‑71 (MQ=32)
tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGa < 1:426074/71‑1 (MQ=11)
tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg < 1:2004363/67‑1 (MQ=18)
tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt > 1:2543939/1‑69 (MQ=25)
tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGa < 1:3699791/71‑1 (MQ=21)
tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGa < 1:3281157/71‑1 (MQ=21)
cTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg > 1:736176/1‑71 (MQ=21)
cTGGACAGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg > 1:663053/1‑71 (MQ=255)
tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTgg > 1:2143655/1‑66 (MQ=25)
tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTgg > 1:483060/1‑66 (MQ=25)
tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTgg > 1:1349280/1‑66 (MQ=25)
tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg > 1:742252/1‑65 (MQ=18)
aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:3193297/71‑1 (MQ=34)
aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:2401544/71‑1 (MQ=34)
tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc < 1:5154498/71‑1 (MQ=34)
tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc < 1:241780/71‑1 (MQ=34)
tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc < 1:4718110/71‑1 (MQ=34)
tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGc < 1:4878817/60‑1 (MQ=11)
tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGc < 1:891750/60‑1 (MQ=11)
tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCCTCGCCTTGGTGAGc < 1:4588196/60‑1 (MQ=11)
tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc < 1:2314714/61‑1 (MQ=35)
tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:1320398/1‑71 (MQ=21)
cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCtcac > 1:4572446/1‑70 (MQ=11)
cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCtcac > 1:1022699/1‑70 (MQ=11)
cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCtcac > 1:4985712/1‑70 (MQ=11)
cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCtca > 1:3746126/1‑69 (MQ=11)
aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca < 1:464004/71‑1 (MQ=35)
gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGc > 1:2036092/1‑70 (MQ=255)
tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa < 1:4408184/71‑1 (MQ=255)
tgGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAAt > 1:1421740/1‑71 (MQ=11)
tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa < 1:3280232/70‑1 (MQ=255)
tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa < 1:2777642/70‑1 (MQ=255)
tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa < 1:615526/70‑1 (MQ=255)
gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa < 1:212854/51‑1 (MQ=11)
gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa < 1:3657948/51‑1 (MQ=11)
gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa < 1:371786/51‑1 (MQ=11)
gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa < 1:4379064/51‑1 (MQ=11)
gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa < 1:4992091/51‑1 (MQ=11)
gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa < 1:4646036/51‑1 (MQ=11)
gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa < 1:1762217/51‑1 (MQ=11)
gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa < 1:1834253/51‑1 (MQ=11)
cTGGTCATCCTCTCAGCCCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATcc > 1:4443353/1‑70 (MQ=255)
cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc < 1:4715000/71‑1 (MQ=255)
cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc < 1:3655699/71‑1 (MQ=255)
cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc < 1:3640612/71‑1 (MQ=255)
cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc < 1:1173610/71‑1 (MQ=255)
cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc < 1:2711683/71‑1 (MQ=255)
gTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc < 1:1085530/71‑1 (MQ=255)
gTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc < 1:4895830/71‑1 (MQ=255)
aTCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTg < 1:1326941/70‑1 (MQ=255)
tCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCCCCAACAAGCTAATCCCATc < 1:3401115/67‑1 (MQ=255)
tCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc < 1:4180275/67‑1 (MQ=255)
tCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc < 1:1050380/67‑1 (MQ=255)
tCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc < 1:4379955/67‑1 (MQ=255)
tCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc < 1:2235420/67‑1 (MQ=255)
ccTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc < 1:3524311/66‑1 (MQ=255)
ctctCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGca > 1:1537970/1‑71 (MQ=255)
tctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt < 1:1320844/55‑1 (MQ=255)
tctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt < 1:1946977/55‑1 (MQ=255)
tctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt < 1:1479530/55‑1 (MQ=255)
ctcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt > 1:3254243/1‑62 (MQ=255)
ctcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt > 1:4830163/1‑62 (MQ=255)
ctcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt > 1:4973576/1‑62 (MQ=255)
ctcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt > 1:3195243/1‑62 (MQ=255)
ctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt < 1:1723317/62‑1 (MQ=255)
ctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt < 1:5102724/62‑1 (MQ=255)
ctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt < 1:4049123/62‑1 (MQ=255)
ctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt < 1:3928392/62‑1 (MQ=255)
ctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt < 1:3149788/62‑1 (MQ=255)
ctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt < 1:2132786/62‑1 (MQ=255)
ctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcac > 1:4233531/1‑70 (MQ=255)
tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa > 1:133872/1‑47 (MQ=255)
tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa > 1:2044302/1‑47 (MQ=255)
tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa > 1:2826484/1‑47 (MQ=255)
tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa > 1:375083/1‑47 (MQ=255)
tcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGca > 1:3872538/1‑68 (MQ=255)
tcAGACAAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGACGTTa > 1:4263568/1‑38 (MQ=14)
cAGACCATCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATc > 1:4784450/1‑71 (MQ=255)
cAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATc > 1:4464581/1‑71 (MQ=255)
cAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATc > 1:1234723/1‑71 (MQ=255)
cAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATc > 1:4398980/1‑71 (MQ=255)
cAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATc > 1:2893717/1‑71 (MQ=255)
cAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATc > 1:4550254/1‑71 (MQ=255)
cAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATc > 1:3560832/1‑71 (MQ=255)
cAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCt > 1:3015142/1‑62 (MQ=255)
cAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCt > 1:836957/1‑62 (MQ=255)
cAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCt > 1:612096/1‑62 (MQ=255)
cAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGACCCGTTACCCCACCAACAAGCAAATCCCATCt > 1:4051324/1‑62 (MQ=17)
aGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcaca < 1:2888818/68‑1 (MQ=255)
aGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcaca < 1:1436071/68‑1 (MQ=255)
aGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcaca < 1:190786/68‑1 (MQ=255)
aGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcaca < 1:2642919/68‑1 (MQ=255)
aGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATcc < 1:1851731/71‑1 (MQ=255)
aGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATcc > 1:336297/1‑71 (MQ=255)
gCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATcc < 1:4111124/65‑1 (MQ=255)
gCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATcc < 1:1363365/65‑1 (MQ=255)
gCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATcc < 1:4416314/65‑1 (MQ=255)
caGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCaa < 1:4147964/70‑1 (MQ=255)
gggATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCg < 1:3173839/62‑1 (MQ=255)
gggATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCg < 1:1744350/62‑1 (MQ=255)
|
GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAA > minE/1763502‑1763626
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
