Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I2 R1
|
330 |
0.0 |
2544031 |
91.9% |
2337964 |
62.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,853,161 |
G→A |
P196P (CCG→CCA) |
ansA → |
cytoplasmic L‑asparaginase I |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,853,161 | 0 | G | A | 100.0%
| 157.5
/ NA
| 50 | P196P (CCG→CCA) | ansA | cytoplasmic L‑asparaginase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (25/25); total (25/25) |
CCTCCGTTACTGGAAGCAGGTATCCATATTCGTCGTTTGAATACGCCACCCGCCCCGCACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTA > W3110S.gb/1853105‑1853215
|
cctccGTTACTGGAAGCAGGTATCCATATTCGTCGTTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGa > 1:766858/1‑65 (MQ=255)
cctccGTTACTGGAAGCAGGTATCCATATTCGTCGTTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGa > 1:720580/1‑65 (MQ=255)
cctccGTTACTGGAAGCAGGTATCCATATTCGTCGTTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGCTGa > 1:483589/1‑65 (MQ=255)
tcttttGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:5194/4‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGTGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:776406/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCaa > 1:833482/1‑56 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCAccc > 1:1991763/1‑62 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:2388027/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:989566/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:75053/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:70391/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:516609/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:2498283/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:2386517/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:2225461/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:1040055/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:1491933/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:1572906/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:1662382/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCcac > 1:1746864/1‑65 (MQ=255)
tcgtTTGAATACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCca > 1:264882/1‑64 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:1702998/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:2091804/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:976740/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:2144428/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:1586348/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:1625239/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:2251333/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:1916300/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:1931582/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:1035664/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:228140/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:2349561/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:239318/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:2460476/65‑1 (MQ=255)
tACGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:1810769/65‑1 (MQ=255)
aCGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGTGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:74472/64‑1 (MQ=255)
aCGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACATCCAATTg < 1:434567/64‑1 (MQ=255)
aCGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:5205/64‑1 (MQ=255)
aCGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:613173/64‑1 (MQ=255)
aCGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:216831/64‑1 (MQ=255)
aCGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:154982/64‑1 (MQ=255)
aCGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:1851107/64‑1 (MQ=255)
aCGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:1384727/64‑1 (MQ=255)
aCGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:904084/64‑1 (MQ=255)
aCGCCACCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTg < 1:2519952/64‑1 (MQ=255)
aCCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTa > 1:2415758/1‑64 (MQ=255)
aCCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTa > 1:2207742/1‑64 (MQ=255)
aCCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTa > 1:2513011/1‑64 (MQ=255)
aCCCGCCCCACACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTa > 1:895137/1‑64 (MQ=255)
|
CCTCCGTTACTGGAAGCAGGTATCCATATTCGTCGTTTGAATACGCCACCCGCCCCGCACGGTGAAGGGGAATTAATCGTTCATCCAATCACCCCACAACCAATTGGCGTA > W3110S.gb/1853105‑1853215
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
