Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I2 R1 330 0.0 2544031 91.9% 2337964 62.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,274,249 A→G T64A (ACT→GCT)  rtn → conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,274,2490AG100.0% 343.3 / NA 91T64A (ACT→GCT) rtnconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (46/45);  total (46/45)

TACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCACTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTA  >  W3110S.gb/2274208‑2274278
                                         |                             
tACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:494907/65‑1 (MQ=255)
tACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:2058544/65‑1 (MQ=255)
tACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:2039300/65‑1 (MQ=255)
tACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:2233606/65‑1 (MQ=255)
tACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:2352876/65‑1 (MQ=255)
tACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:2498471/65‑1 (MQ=255)
tACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:2518904/65‑1 (MQ=255)
tACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:1995261/65‑1 (MQ=255)
tACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:1773648/65‑1 (MQ=255)
tACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:78188/65‑1 (MQ=255)
tACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:106718/65‑1 (MQ=255)
 aCAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:620166/64‑1 (MQ=255)
 aCAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTg        <  1:879131/64‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGTCCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1717308/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:1617150/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:1849987/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:1674964/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:103722/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:2134132/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:2190795/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:31337/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:427885/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:661472/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:664962/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:817991/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:932412/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:1162200/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:102702/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:1406368/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:1246971/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:1129782/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:1490674/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:148213/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:1131883/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:516779/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:614027/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1192349/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:419221/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:2539996/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1255802/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:2495065/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:2433173/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:2376112/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:531141/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:592212/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1528434/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1157286/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1148359/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:714363/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:819821/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1098463/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:883863/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:957168/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:989766/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1508686/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1596001/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1600809/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1670865/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1671175/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1379274/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1671354/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:208900/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:2077371/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:1415575/65‑1 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCCCTGAc      >  1:2184796/1‑61 (MQ=255)
      aGTATCTCGATACCTATATTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGAc      >  1:1719581/1‑61 (MQ=255)
       gTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  <  1:608247/64‑1 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGa                        >  1:1898132/1‑38 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGAcc                      >  1:143363/1‑40 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGc          >  1:1402512/1‑52 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCtt   >  1:1211848/1‑59 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:683645/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:1356872/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:2270001/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:937075/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:2331345/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:898830/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:1507985/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:1356085/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:1363211/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:2107905/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:1793085/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:1150376/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:1804973/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:1838585/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:346575/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:415037/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:2227231/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:1915697/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:1415396/1‑60 (MQ=255)
           ctcGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCGCTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTa  >  1:2051687/1‑60 (MQ=255)
                                         |                             
TACAAAAGTATCTCGATACCTATTTTGCCGACCTGAAATCCACTACTGACCGGCTCCAGCCGCTGACCTTA  >  W3110S.gb/2274208‑2274278

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A