Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R1 178 99.0 1887089 95.3% 1798395 63.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,960,591 +A coding (390/747 nt) cutC ← copper homeostasis protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,960,5881.A90.7% 542.5 / 46.3 162coding (393/747 nt)cutCcopper homeostasis protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (15/0);  new base A (147/0);  total (162/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 162 total aligned reads displayed.

GCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATAT‑AAAGGGTT  >  W3110S.gb/1960533‑1960596
                                                        |        
gcgcTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:4244/4‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCGGCAAGATTATTGAGTGTATAT‑AAAagggt  >  1:702858/1‑62 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:319682/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:508793/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:470818/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:464401/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:460491/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:444390/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:411263/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:386248/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:376907/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:353845/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:328240/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:529302/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:307693/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:267447/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:262213/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:254827/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:232353/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:211497/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:201979/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1880178/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1871305/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1000035/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1843852/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:789110/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:97210/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:942519/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:941459/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:916916/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:903136/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:88588/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:867264/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:842055/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:820797/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:805606/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:802322/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:510422/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:758684/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:753394/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:750563/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:728707/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:67998/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:671350/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:643758/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:624752/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:597935/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:591049/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:186267/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1209864/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1420680/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1813730/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1373356/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1364441/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1338322/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1313037/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1307634/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1299883/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1278159/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1258197/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1220352/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1394368/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1178853/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1171603/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1145135/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1105953/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1094079/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:109402/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1076990/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1057305/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1051735/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1035509/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1486955/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:180856/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1793811/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:179027/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1768343/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1726878/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1706954/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1684292/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1677889/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1657379/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1636200/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:156280/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1483582/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1523286/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1528810/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1535753/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1542248/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1544216/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:158653/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATATAAAAGGGtt  >  1:1573706/1‑65 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATAT‑AAAagggt  >  1:370263/1‑62 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATAT‑AAAagggt  >  1:1102445/1‑62 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATAT‑AAAagggt  >  1:1715489/1‑62 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATAT‑AAAagggt  >  1:724978/1‑62 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATAT‑AAAagggt  >  1:1629061/1‑62 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATAT‑AAAagggt  >  1:123705/1‑62 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATAT‑AAAagggt  >  1:124655/1‑62 (MQ=255)
gCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGAAAGATTATTGAGTGTATAT‑AAAagggt  >  1:763651/1‑62 (MQ=255)
                                                        |        
GCCCTGATGTCAGTACCCGGGCAATGCCCAATTCCGCAAGATTATTGAGTGTATAT‑AAAGGGTT  >  W3110S.gb/1960533‑1960596

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A