Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R1
|
354 |
41.7 |
3110465 |
93.1% |
2895842 |
61.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,235,640 |
+A |
coding (655/1542 nt) |
nhaB ← |
sodium:proton antiporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,235,640 | 1 | . | A | 100.0%
| 171.9
/ NA
| 51 | V219L (GTG→TTG) | nhaB | sodium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base A (12/39); total (12/39) |
CGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCAC‑CATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTA > W3110S.gb/1235605‑1235695
|
cGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCgttt < 1:396026/65‑4 (MQ=255)
cGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:573193/65‑1 (MQ=255)
cGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:3090184/65‑1 (MQ=255)
cGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:3014328/65‑1 (MQ=255)
cGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:2376725/65‑1 (MQ=255)
cGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:1852210/65‑1 (MQ=255)
cGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:2374795/65‑1 (MQ=255)
cGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:1902456/65‑1 (MQ=255)
cGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:235290/65‑1 (MQ=255)
cGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:2294658/65‑1 (MQ=255)
cGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:1990633/65‑1 (MQ=255)
gCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:2359697/64‑1 (MQ=255)
gCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGc < 1:2424798/65‑1 (MQ=255)
gCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGc < 1:974279/65‑1 (MQ=255)
gCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGc < 1:634801/65‑1 (MQ=255)
gCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGc < 1:2474367/65‑1 (MQ=255)
gCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGc < 1:147696/65‑1 (MQ=255)
gCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGAGGTGc < 1:1695248/65‑1 (MQ=255)
cTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGc < 1:562957/64‑1 (MQ=255)
cTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGc < 1:1267872/64‑1 (MQ=255)
cTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGc < 1:2465458/64‑1 (MQ=255)
cGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:596892/57‑1 (MQ=39)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:702280/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:41458/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:3104182/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:159681/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:2762489/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:2739888/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:2701872/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:2561469/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:1673139/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:1887816/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:1928308/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:1931868/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:2312167/65‑1 (MQ=255)
cAGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:1944062/65‑1 (MQ=255)
aGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:675513/64‑1 (MQ=255)
aGGTTCTGTGGTTCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGgcatgc < 1:2968760/64‑1 (MQ=255)
ttCGGCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTa > 1:1000934/1‑65 (MQ=255)
ttCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTa > 1:1016677/1‑65 (MQ=255)
ttCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTa > 1:661519/1‑65 (MQ=255)
ttCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTa > 1:859706/1‑65 (MQ=255)
ttCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTa > 1:2052183/1‑65 (MQ=255)
ttCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTa > 1:563521/1‑65 (MQ=255)
ttCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTa > 1:1485485/1‑65 (MQ=255)
ttCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTa > 1:1496260/1‑65 (MQ=255)
ttCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTa > 1:289616/1‑65 (MQ=255)
ttCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTa > 1:2694115/1‑65 (MQ=255)
ttCGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTa > 1:2181558/1‑65 (MQ=255)
ttCGCCCACACATGGTCATTACGACGCCTAATGCGGTGCCGCCACCGGCATGCATAATCAGGCTa > 1:2296404/1‑65 (MQ=255)
cGCCCACACATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTg < 1:2711390/36‑1 (MQ=37)
|
CGCTTTAGCGATGATCAGGTTCTGTGGTTCGCCCAC‑CATGGTCATTACGCCGCCTAATGCGGTGCCGACACCGGCATGCATCATCAGGCTA > W3110S.gb/1235605‑1235695
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
