Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R1
|
354 |
41.7 |
3110465 |
93.1% |
2895842 |
61.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,777,889 |
T→C |
V359A (GTG→GCG) |
glvC → |
arbutin specific enzyme IIC component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,777,889 | 0 | T | C | 100.0%
| 133.2
/ NA
| 36 | V359A (GTG→GCG) | glvC | arbutin specific enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (21/15); total (21/15) |
GTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGTGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTACCGCAAAACTGGATCCC > W3110S.gb/3777827‑3777943
|
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:1691452/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:212712/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:2280487/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:2315983/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:2046295/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:1109540/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:2470287/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:2004742/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:2798233/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:2969371/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:3039580/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:650852/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:1461771/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:692980/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:144673/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:715654/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:942349/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:976680/65‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGTACACGACGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGtggcgg < 1:4586/65‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:2440835/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:332623/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:336207/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:2149002/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:2060112/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:1190543/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:1651209/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:1678371/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:1869783/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:1935498/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:2088359/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:2052470/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:2040923/64‑1 (MQ=255)
cGGTACACGACGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:2640363/64‑1 (MQ=255)
ggTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCaa < 1:510867/63‑1 (MQ=255)
gTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCAACAt > 1:1150840/1‑65 (MQ=255)
gTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCAACAt > 1:1448933/1‑65 (MQ=255)
cggcCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGAtt > 1:2889737/1‑65 (MQ=255)
cggcCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGAtt > 1:2416043/1‑65 (MQ=255)
cggcCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGAtt > 1:1657445/1‑65 (MQ=255)
cggcCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGAtt > 1:2021728/1‑65 (MQ=255)
cggcCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGAtt > 1:627619/1‑65 (MQ=255)
cggcCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGAtt > 1:688171/1‑65 (MQ=255)
tCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGtttt > 1:2854763/1‑65 (MQ=255)
tCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGtttt > 1:2461475/1‑65 (MQ=255)
gACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTAc > 1:191044/1‑65 (MQ=255)
gACCGTAATGTATCTCTTAGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTAc > 1:770177/1‑65 (MQ=255)
tttGGTGTTGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTACCGCAAAACTGGATccc > 1:784639/1‑65 (MQ=255)
tttGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTACCGCAAAACTGGATccc > 1:1131572/1‑65 (MQ=255)
tttGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTACCGCAAAACTGGATccc > 1:1519972/1‑65 (MQ=255)
tttGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTACCGCAAAACTGGATccc > 1:474526/1‑65 (MQ=255)
tttGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTACCGCAAAACTGGATccc > 1:459644/1‑65 (MQ=255)
tttGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTACCGCAAAACTGGATccc > 1:2644165/1‑65 (MQ=255)
tttGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTACCGCAAAACTGGATccc > 1:2661901/1‑65 (MQ=255)
tttGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTACCGCAAAACTGGATccc > 1:2967054/1‑65 (MQ=255)
tttGGTGTGGCGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTACCGCAAAACTGGATccc > 1:2888349/1‑65 (MQ=255)
|
GTTTGCGGTACACGCCGTGCTGGCGGCCTCAATGTCGACCGTAATGTATCTCTTTGGTGTGGTGGGCAACATGGGCGGAGGTCTGATTGACTAGGTTTTACCGCAAAACTGGATCCC > W3110S.gb/3777827‑3777943
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
