Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F8 I0 R2
|
422 |
46.8 |
3726540 |
94.7% |
3529033 |
61.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,679,440 |
A→G |
80.6% |
I194V (ATT→GTT) |
ilvY → |
DNA‑binding transcriptional dual regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,679,440 | 0 | A | G | 80.6%
| 80.0
/ 12.8
| 36 | I194V (ATT→GTT) | ilvY | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/3); new base G (13/16); total (17/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
CGCTGCCCTGCCCGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGT > W3110S.gb/3679375‑3679505
|
cgcTGCCCTGCCCGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATg < 1:1295433/71‑1 (MQ=255)
cgcTGACCTGCCCGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATg < 1:651161/71‑1 (MQ=255)
gccctgcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGcc > 1:996966/1‑70 (MQ=255)
gccctgcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGcc > 1:3426180/1‑70 (MQ=255)
cccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa < 1:2622185/69‑1 (MQ=255)
tGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:2719247/63‑1 (MQ=255)
tGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:41297/63‑1 (MQ=255)
tGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:3634685/63‑1 (MQ=255)
tGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:3292922/63‑1 (MQ=255)
cGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCgg < 1:1033697/70‑1 (MQ=255)
cGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCgg < 1:1315776/70‑1 (MQ=255)
cGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCgg < 1:536512/70‑1 (MQ=255)
aTCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTAcgc > 1:2087985/1‑71 (MQ=255)
aTCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTAcgc > 1:2224670/1‑71 (MQ=255)
aTCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAggg > 1:1056431/1‑61 (MQ=255)
aTCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAggg > 1:2752616/1‑61 (MQ=255)
aTCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAggg > 1:1846118/1‑61 (MQ=255)
tCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTAcgcc < 1:1498814/71‑1 (MQ=255)
tCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:874958/49‑1 (MQ=255)
gcGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCgg < 1:1727350/57‑1 (MQ=255)
tAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATg < 1:923077/38‑1 (MQ=255)
agaAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:3274208/42‑1 (MQ=255)
gCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGAt < 1:108108/37‑1 (MQ=255)
gCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGAt < 1:285119/37‑1 (MQ=255)
gCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGAt < 1:391178/37‑1 (MQ=255)
ccGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGtt > 1:3139326/1‑71 (MQ=255)
ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:1742851/1‑36 (MQ=255)
ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:1276593/1‑36 (MQ=255)
ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:3543818/1‑36 (MQ=255)
ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:1336080/1‑36 (MQ=255)
ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:1582249/1‑36 (MQ=255)
ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:2016355/1‑36 (MQ=255)
aaCGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAAt > 1:325499/1‑70 (MQ=255)
aaCGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAAt > 1:2363717/1‑70 (MQ=255)
gTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAAt > 1:2363050/1‑71 (MQ=255)
cGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGt < 1:3325012/71‑1 (MQ=255)
|
CGCTGCCCTGCCCGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGT > W3110S.gb/3679375‑3679505
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
