Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F3 I0 R1 328 90.1 2317887 85.2% 1974839 62.5

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 617,295 C→T 100% G111G (GGC→GGT)  ycaL → predicted peptidase with chaperone function

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE617,2950CT88.3% 225.6 / 17.0 85G111G (GGC→GGT) ycaLpredicted peptidase with chaperone function
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (4/6);  new base T (75/0);  total (79/6)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-07
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

GTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTC  >  minE/617251‑617356
                                            |                                                             
gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGc                                          <  1:452439/66‑1 (MQ=255)
gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGc                                          <  1:59110/66‑1 (MQ=255)
gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGc                                          <  1:165399/66‑1 (MQ=255)
gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGc                                          <  1:1102997/66‑1 (MQ=255)
gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGc                                          <  1:68072/66‑1 (MQ=255)
gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTACGTGTCTACAGTGGc                                          <  1:793135/66‑1 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTgg                                           >  1:2121889/1‑40 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACatgatg                           >  1:1652165/1‑56 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACatg                              >  1:206977/1‑53 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg                 >  1:844457/1‑66 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg                 >  1:1714049/1‑66 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg                 >  1:11010/1‑66 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg                 >  1:2233078/1‑66 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg                 >  1:325849/1‑66 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg                 >  1:722134/1‑66 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg                 >  1:1921683/1‑66 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:2312526/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:2310409/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:284010/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:2298073/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:2149586/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:2290305/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:357446/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:2125514/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:381033/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:2281079/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:436278/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:599255/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:783489/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:98534/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:979423/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:952721/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:931849/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:884789/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:883657/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:86437/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:800671/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:51517/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:778234/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:752193/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:69902/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:698638/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:2017280/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:581862/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:519899/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1579667/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1720589/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1154029/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:2055477/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1709616/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1695455/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1638648/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1594064/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1585623/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1731982/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:131506/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1462339/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1446644/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:143635/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1330653/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1326868/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1318530/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1852421/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1071684/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:109049/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1091489/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1962387/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1946015/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1919210/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1905944/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1886122/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1824221/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1777474/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1769396/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1763888/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1742496/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1137222/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1736917/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGACTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:1712422/1‑67 (MQ=255)
                         cATGGGCGATGGCGAACGGTGGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa                >  1:2046516/1‑67 (MQ=255)
                         cATCGGCGATGGCGAACCGTTGAGTTCGTGTCAACAGAGGACTGATCGACAAGATCAACGACa                    >  1:1715422/1‑63 (MQ=255)
                                       aaCGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTc  >  1:1552826/1‑67 (MQ=255)
                                       aaCGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTc  >  1:423074/1‑67 (MQ=255)
                                       aaCGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTc  >  1:105675/1‑67 (MQ=255)
                                       aaCGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTc  >  1:2101533/1‑67 (MQ=255)
                                            |                                                             
GTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTC  >  minE/617251‑617356

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A