Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F3 I0 R1 328 90.1 2317887 85.2% 1974839 62.5

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,948,722 A→G 100% H32H (CAT→CAC)  gcvH ← glycine cleavage complex lipoylprotein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,948,7220AG99.0% 326.3 / ‑4.5 95H32H (CAT→CAC) gcvHglycine cleavage complex lipoylprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/1);  new base G (94/0);  total (94/1)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

CGTTGCGCCCACTTCCGGCAGGTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCATGTTCGGTAATACCAACGGTGTAAGTGCCG  >  minE/1948665‑1948752
                                                         |                              
cGTTGCGCCCACTTCCGGCAGGTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCATGTTCGGt                        <  1:1054152/66‑1 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGtt                            >  1:245090/1‑41 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTc                           >  1:1440117/1‑42 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCaa                >  1:570139/1‑53 (MQ=38)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTg     >  1:741618/1‑64 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGcc   >  1:1074769/1‑66 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGcc   >  1:1398097/1‑66 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGcc   >  1:1730607/1‑66 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGcc   >  1:530740/1‑66 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:247234/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:447968/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1036310/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:2289129/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:2249748/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:2237633/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:2196543/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:2186508/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:2130995/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:211992/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:2096699/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:2088137/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:2080196/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:2003327/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1960670/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1951491/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:193361/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:189826/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1876786/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1855173/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:576122/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:915619/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:912435/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:894602/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:861876/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:784149/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:741093/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:724625/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:666927/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:659580/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:582781/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:263041/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:569116/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:567148/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:549835/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:529393/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:454650/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:451207/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:950604/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:443391/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:29324/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1290380/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:18545/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1444742/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1420286/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1410794/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1370061/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1345592/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1337257/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1331493/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1310394/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:129881/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1483623/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1258872/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1251544/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:123664/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1206538/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1106041/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1105251/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:110402/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1101009/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1089494/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1071175/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1490615/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1821844/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1795380/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1787053/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1775793/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1759449/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1738785/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1718393/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1703577/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:167531/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1656280/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1622343/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1586212/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1533357/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1530702/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1526538/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:150067/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1500311/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:150014/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1488886/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGACg  >  1:1248652/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAAAGGTGTAAGTGCCg  >  1:1262350/1‑67 (MQ=255)
                     gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGACAACGGTGTAAGTGCCg  >  1:1934694/1‑67 (MQ=255)
                                                         |                              
CGTTGCGCCCACTTCCGGCAGGTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCATGTTCGGTAATACCAACGGTGTAAGTGCCG  >  minE/1948665‑1948752

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A