Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R2
|
230 |
93.6 |
4701257 |
96.3% |
4527310 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,831,530 |
A→G |
53.6% |
S146G (AGC→GGC) |
ygbJ → |
predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,831,530 | 0 | A | G | 53.6%
| 16.1
/ 89.1
| 69 | S146G (AGC→GGC) | ygbJ | predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/21); new base G (17/20); total (28/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 |
GATGCGCCAGTTTCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCATAG > minE/1831464‑1831596
|
gATGCGCCAGTTTCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGc < 1:1885668/69‑1 (MQ=255)
aTGCGCCAGTTTCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGat < 1:3787926/71‑1 (MQ=255)
tGCGCCAGTTTCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGata < 1:3047381/71‑1 (MQ=255)
tttCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAACGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCttt < 1:4666754/71‑1 (MQ=255)
tCTGGTTGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGatat > 1:1966382/1‑62 (MQ=255)
tCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTg < 1:2840249/70‑1 (MQ=255)
tCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTg < 1:4301773/70‑1 (MQ=255)
cTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGa < 1:3023507/70‑1 (MQ=255)
tggtgCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTg < 1:2270827/65‑1 (MQ=255)
tggtgCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGAc < 1:270406/71‑1 (MQ=255)
cAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGaa > 1:4382205/1‑62 (MQ=255)
gTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGata < 1:423651/49‑1 (MQ=255)
tAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGAGTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCAc < 1:4209819/69‑1 (MQ=255)
aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGatat > 1:1931488/1‑47 (MQ=255)
aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCttt > 1:214901/1‑54 (MQ=255)
aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCttt > 1:3935942/1‑54 (MQ=255)
aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGt < 1:4285467/71‑1 (MQ=255)
aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGa < 1:4455169/44‑1 (MQ=255)
aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAAc < 1:4228494/58‑1 (MQ=255)
aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGt < 1:2034413/71‑1 (MQ=255)
aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGt < 1:2374851/71‑1 (MQ=255)
aaaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGt > 1:2901222/1‑71 (MQ=255)
aaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTgg < 1:2640551/63‑1 (MQ=255)
aaGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTg > 1:2425352/1‑71 (MQ=255)
aGCCGCTAACGGTGAAATGCCTGTCATGGCCTCCGGTAGCGatat > 1:869154/1‑45 (MQ=255)
aGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGatat > 1:1400218/1‑45 (MQ=255)
aGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGcc < 1:4410196/49‑1 (MQ=255)
cGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGatat > 1:1855937/1‑42 (MQ=255)
cTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGc > 1:114040/1‑43 (MQ=255)
cTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGc > 1:759182/1‑43 (MQ=255)
cTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTgg > 1:2868112/1‑69 (MQ=255)
cTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTgg > 1:1539722/1‑69 (MQ=255)
cTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTgg > 1:365105/1‑69 (MQ=255)
tAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGc < 1:2758090/57‑1 (MQ=255)
aaCGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACGCGTGCTGGAAGc > 1:748799/1‑71 (MQ=255)
aCGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAg < 1:133343/69‑1 (MQ=255)
cGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCg > 1:470738/1‑71 (MQ=255)
cGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCg > 1:4257610/1‑71 (MQ=255)
gAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGa > 1:459165/1‑41 (MQ=255)
aaTGACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCg < 1:1430010/71‑1 (MQ=255)
aTGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGAc > 1:126551/1‑43 (MQ=255)
gACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGAc > 1:255862/1‑41 (MQ=255)
gACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGAc > 1:2526572/1‑41 (MQ=255)
gACTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGa > 1:3818047/1‑70 (MQ=255)
gACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGc > 1:1257191/1‑53 (MQ=255)
aCTGTCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGa > 1:3729017/1‑39 (MQ=255)
tCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGAc < 1:225042/36‑1 (MQ=255)
tCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGtt < 1:3598819/71‑1 (MQ=255)
tCATGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGt < 1:47633/70‑1 (MQ=255)
tCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAg < 1:652380/69‑1 (MQ=255)
tCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGtt < 1:1385852/71‑1 (MQ=255)
aTGGCCTCCGGTGGGGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTa < 1:797068/71‑1 (MQ=255)
aTGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTa > 1:4286461/1‑71 (MQ=255)
aTGGCCTCCGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTa < 1:2442894/71‑1 (MQ=255)
aTGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTg > 1:3521413/1‑48 (MQ=255)
aTGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGTCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:1812379/70‑1 (MQ=255)
aTGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGtt < 1:1760465/57‑1 (MQ=255)
aTGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:750516/70‑1 (MQ=255)
aTGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:4663030/70‑1 (MQ=255)
tGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:2360643/69‑1 (MQ=255)
tGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:1829450/69‑1 (MQ=255)
tGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGttt < 1:3057031/69‑1 (MQ=255)
cTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTg < 1:3760788/53‑1 (MQ=255)
cTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCa < 1:3478000/71‑1 (MQ=255)
ccGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCg < 1:3581326/48‑1 (MQ=255)
cGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCAt < 1:3070578/69‑1 (MQ=255)
cGGTGGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCATAg > 1:661634/1‑71 (MQ=255)
cGGTAGCGTTATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCg < 1:3937750/66‑1 (MQ=255)
cGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCAt < 1:3097972/69‑1 (MQ=255)
|
GATGCGCCAGTTTCTGGTGGTGCAGTAAAAGCCGCTAACGGTGAAATGACTGTCATGGCCTCCGGTAGCGATATTGCCTTTGAACGACTGGCACCCGTGCTGGAAGCCGTTGCCGGAAAAGTTTATCGCATAG > minE/1831464‑1831596
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
