Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R2
|
230 |
93.6 |
4701257 |
96.3% |
4527310 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,327,603 |
T→C |
51.3% |
F225S (TTT→TCT) |
cpxA → |
sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CpxR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,327,603 | 0 | T | C | 51.3%
| ‑0.5
/ 51.9
| 39 | F225S (TTT→TCT) | cpxA | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CpxR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/11); new base C (12/8); total (20/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGGGAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCTGATATCTCTCAC > minE/2327534‑2327673
|
aGGGAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGttt > 1:2159344/1‑70 (MQ=255)
gggAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTa < 1:925084/71‑1 (MQ=255)
gggAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTa < 1:1970406/71‑1 (MQ=255)
ggAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTaa > 1:353752/1‑71 (MQ=255)
aaaCTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAAc > 1:4237430/1‑70 (MQ=255)
aaaCTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAAc > 1:287102/1‑70 (MQ=255)
aCGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATgg > 1:1243029/1‑71 (MQ=255)
aGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCAcc < 1:3036654/71‑1 (MQ=255)
cccGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTc < 1:3441387/64‑1 (MQ=255)
cGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTg > 1:358890/1‑71 (MQ=255)
ggAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCa < 1:1808931/54‑1 (MQ=255)
gAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTgg < 1:2688191/70‑1 (MQ=255)
gAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCat < 1:443533/71‑1 (MQ=255)
gAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCAAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCat > 1:578821/1‑71 (MQ=255)
aaGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCatg < 1:4463376/71‑1 (MQ=255)
aGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTaa > 1:1055547/1‑42 (MQ=255)
gCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCatgat < 1:4042759/71‑1 (MQ=255)
cGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATgg > 1:751291/1‑48 (MQ=255)
ggggCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCAtgatga > 1:3574501/1‑71 (MQ=255)
ggggCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCAtgatga > 1:3322693/1‑71 (MQ=255)
gggCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACcgcg < 1:230257/54‑1 (MQ=255)
ggCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCAtgatga > 1:2497844/1‑69 (MQ=255)
ggCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCAtgatga > 1:4115977/1‑69 (MQ=255)
cacaGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCat < 1:2020975/61‑1 (MQ=255)
aGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCAtgatga > 1:4448006/1‑63 (MQ=255)
ggAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCa < 1:296943/56‑1 (MQ=255)
ggAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCa > 1:43430/1‑56 (MQ=255)
ttCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCatgatg < 1:628630/57‑1 (MQ=255)
ttCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCatg < 1:3865360/54‑1 (MQ=255)
ccTTGCCGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACctct < 1:2943619/61‑1 (MQ=255)
cTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCatga > 1:95892/1‑52 (MQ=255)
cTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCt < 1:1532240/71‑1 (MQ=255)
cTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCt < 1:1057203/71‑1 (MQ=255)
gCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCt > 1:2567459/1‑71 (MQ=255)
ccGCAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCtt > 1:1804069/1‑71 (MQ=255)
cAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCt > 1:3057071/1‑71 (MQ=255)
cAGGTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCt > 1:1358399/1‑71 (MQ=255)
gTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCTGa > 1:3677282/1‑70 (MQ=255)
gTGCCAGTTCTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCat < 1:1304845/40‑1 (MQ=255)
tGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCat < 1:4179928/39‑1 (MQ=255)
ttAACCAGATGGTCACCGCGCTTGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCTGATATCTCTCa < 1:422732/70‑1 (MQ=255)
ttAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCTGATATCTCTCAc > 1:2853470/1‑71 (MQ=255)
|
AGGGAAACTTACGCCAGCACCCGGAACTGGAAGCGGGGCCACAGGAATTCCTTGCCGCAGGTGCCAGTTTTAACCAGATGGTCACCGCGCTGGAGCGCATGATGACCTCTCAGCAGCGTCTGCTTTCTGATATCTCTCAC > minE/2327534‑2327673
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
