Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I0 R2
|
308 |
27.9 |
1975068 |
96.7% |
1909890 |
67.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
579,794 |
A→G |
44.7% |
intergenic (+485/‑263) |
ybcW → / → nohB |
hypothetical protein/DNA packaging protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 579,794 | 0 | A | G | 44.7%
| 6.6
/ 50.9
| 38 | intergenic (+485/‑263) | ybcW/nohB | hypothetical protein/DNA packaging protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/17); new base G (4/13); total (8/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
TTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGT > W3110S.gb/579724‑579863
|
ttAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:1737935/71‑1 (MQ=34)
ttAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:1270707/71‑1 (MQ=34)
ttAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:429269/71‑1 (MQ=34)
ttAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:559406/71‑1 (MQ=34)
ttAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:637612/71‑1 (MQ=34)
gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:243350/70‑1 (MQ=255)
gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:1804666/70‑1 (MQ=255)
gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:1723139/70‑1 (MQ=255)
gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:1700450/70‑1 (MQ=255)
gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:543743/70‑1 (MQ=255)
gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:606539/70‑1 (MQ=255)
gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:1329133/70‑1 (MQ=255)
gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:1273931/70‑1 (MQ=255)
gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:113809/70‑1 (MQ=255)
aaTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:823327/70‑1 (MQ=255)
aaTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:861024/70‑1 (MQ=255)
aaTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:1839687/70‑1 (MQ=255)
aaTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:29852/70‑1 (MQ=255)
aTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:705177/49‑1 (MQ=38)
aTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:425383/69‑1 (MQ=255)
aTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:9328/69‑1 (MQ=255)
aTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:1922667/69‑1 (MQ=255)
tACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:205965/68‑1 (MQ=255)
aTACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATa < 1:237618/71‑1 (MQ=255)
aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACg > 1:378845/1‑38 (MQ=255)
aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCa > 1:1679640/1‑67 (MQ=255)
aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCAtttt > 1:913005/1‑71 (MQ=255)
aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCAtttt > 1:671823/1‑71 (MQ=255)
tttGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAat < 1:1190443/51‑1 (MQ=255)
tttGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAat < 1:639977/51‑1 (MQ=255)
tttGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAat < 1:1388460/51‑1 (MQ=255)
tGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAatta > 1:156762/1‑51 (MQ=255)
tGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAatta > 1:154453/1‑51 (MQ=255)
tGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAatta > 1:1302346/1‑51 (MQ=255)
tGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAatta > 1:1343314/1‑51 (MQ=255)
aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCTATcc < 1:1660678/70‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:148977/70‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:969578/70‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:932012/70‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:37950/70‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:273959/70‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:1131434/70‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCAGGCGATcc < 1:1890728/70‑1 (MQ=255)
tAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGt < 1:1460931/71‑1 (MQ=255)
|
TTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGT > W3110S.gb/579724‑579863
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
