Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I0 R1
|
476 |
35.3 |
2812105 |
96.7% |
2719305 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,866,848:1 |
+T |
40.7% |
coding (562/1140 nt) |
nlpD ← |
predicted outer membrane lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,866,848 | 1 | . | T | 40.7%
| 24.0
/ 101.9
| 54 | coding (562/1140 nt) | nlpD | predicted outer membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (20/12); new base T (14/8); total (34/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
CAGAATACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAGCATTACC > W3110S.gb/2866779‑2866914
|
cAGAATACGTAATTGTCGGTTGCAACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑t > 1:1148487/1‑71 (MQ=255)
aGAATACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑tt > 1:597195/1‑71 (MQ=255)
cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGctct > 1:2623054/1‑71 (MQ=255)
cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGctct > 1:263602/1‑71 (MQ=255)
cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGctct > 1:1580530/1‑71 (MQ=255)
cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGctct > 1:1521023/1‑71 (MQ=255)
cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGctct < 1:399425/70‑1 (MQ=255)
cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTctg < 1:856038/71‑1 (MQ=255)
cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTctg < 1:478401/71‑1 (MQ=255)
tAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGct > 1:1310697/1‑66 (MQ=255)
aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTctgctg < 1:2603326/71‑1 (MQ=255)
aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTctgctg > 1:880719/1‑71 (MQ=255)
aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTctgctg > 1:914956/1‑71 (MQ=255)
aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTctgctg > 1:2265367/1‑71 (MQ=255)
aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTctgct < 1:2225957/70‑1 (MQ=255)
aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCtgctgc > 1:57879/1‑71 (MQ=255)
ttGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTctgc > 1:1654308/1‑67 (MQ=255)
ttGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACGCC‑TTGCTctgc > 1:2553697/1‑67 (MQ=255)
tGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGt > 1:1729639/1‑71 (MQ=255)
gTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGt > 1:1384591/1‑71 (MQ=255)
gTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑t > 1:1732512/1‑57 (MQ=255)
gTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGt > 1:933373/1‑70 (MQ=255)
ggTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCgg < 1:700690/71‑1 (MQ=255)
gCGACGCAACAGCAACGGTGTAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTg > 1:2052981/1‑71 (MQ=255)
gCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGt > 1:864685/1‑64 (MQ=255)
gCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑tttg > 1:221788/1‑51 (MQ=255)
aCAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTggg < 1:917987/65‑1 (MQ=255)
aCAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGc < 1:1128059/71‑1 (MQ=255)
aCAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGc < 1:1147352/71‑1 (MQ=255)
gCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCAtt > 1:2564855/1‑71 (MQ=255)
gCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCAt > 1:2660870/1‑70 (MQ=255)
aaCGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑t > 1:1470557/1‑37 (MQ=255)
aCGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGt < 1:795552/59‑1 (MQ=255)
ggTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTaa > 1:160570/1‑59 (MQ=255)
tGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGc < 1:2723406/70‑1 (MQ=255)
gAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGt < 1:1904300/71‑1 (MQ=255)
gAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGt < 1:2537410/71‑1 (MQ=255)
gAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCT‑GGTAATGGCATTTCCGCCAGTg < 1:2381135/71‑1 (MQ=255)
aTTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGa > 1:337196/1‑71 (MQ=255)
ttttGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTaa > 1:1642350/1‑53 (MQ=255)
ttttGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTCCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGt > 1:175392/1‑51 (MQ=255)
ttGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTaa > 1:944543/1‑50 (MQ=255)
ttGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTc > 1:1113182/1‑59 (MQ=255)
ttGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTc > 1:1346376/1‑59 (MQ=255)
tgCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCg < 1:781871/71‑1 (MQ=255)
cTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg > 1:1913166/1‑71 (MQ=255)
ttGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTata > 1:493947/1‑39 (MQ=255)
ttGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTa > 1:2728153/1‑66 (MQ=255)
ttGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTa > 1:2167257/1‑66 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAg < 1:1662872/71‑1 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAg < 1:1144405/71‑1 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAg < 1:1143000/71‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGaa > 1:1654783/1‑68 (MQ=255)
acaACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGTATTTCC‑CCAGTGATTGGCGTACCGGAAGCATTa > 1:2482711/1‑71 (MQ=255)
acaACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTc > 1:427030/1‑43 (MQ=255)
acaACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTc > 1:1219768/1‑43 (MQ=255)
aCTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAGc < 1:628368/65‑1 (MQ=255)
aCTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAGCATTAcc > 1:1822136/1‑71 (MQ=255)
cTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAGc < 1:1176687/64‑1 (MQ=255)
|
CAGAATACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAGCATTACC > W3110S.gb/2866779‑2866914
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
