Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I2 R1
|
330 |
0.0 |
2544031 |
91.9% |
2337964 |
62.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,177,952 |
C→T |
Q317* (CAA→TAA) |
lolC → |
outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,177,952 | 0 | C | T | 100.0%
| 89.0
/ NA
| 29 | Q317* (CAA→TAA) | lolC | outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (0/29); total (0/29) |
ACAAATCATGATGGTCTTTATGGTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAG > W3110S.gb/1177927‑1177991
|
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1320558/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:889599/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:865773/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:846069/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:797142/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:641129/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:516073/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:33872/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:317435/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:236433/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:2331970/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:2253243/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:2080198/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1882839/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1785348/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1669135/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1567295/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1552353/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1461106/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:139435/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1391615/65‑1 (MQ=255)
aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1269675/65‑1 (MQ=255)
cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGGTTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1760352/64‑1 (MQ=255)
cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:2104620/64‑1 (MQ=255)
cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1689898/64‑1 (MQ=255)
cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:2499187/64‑1 (MQ=255)
cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:428400/64‑1 (MQ=255)
cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:700786/64‑1 (MQ=255)
aaaTCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg < 1:1601629/63‑1 (MQ=255)
|
ACAAATCATGATGGTCTTTATGGTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAG > W3110S.gb/1177927‑1177991
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
