Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I2 R1
|
330 |
0.0 |
2544031 |
91.9% |
2337964 |
62.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,866,850 |
+T |
coding (560/1140 nt) |
nlpD ← |
predicted outer membrane lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,866,848 | 1 | . | T | 100.0%
| 183.4
/ NA
| 53 | G188R (GGA→AGA) | nlpD | predicted outer membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base T (26/27); total (26/27) |
TACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCG > W3110S.gb/2866784‑2866903
|
tACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTcc < 1:1991156/65‑1 (MQ=255)
tACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTcc < 1:1904802/65‑1 (MQ=255)
tACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTcc < 1:1848778/65‑1 (MQ=255)
tACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTcc < 1:1666610/65‑1 (MQ=255)
tACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTcc < 1:1173024/65‑1 (MQ=255)
tACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTcc < 1:32056/65‑1 (MQ=255)
tACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTcc < 1:1458114/65‑1 (MQ=255)
tACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTcc < 1:140364/65‑1 (MQ=255)
tACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTcc < 1:628434/65‑1 (MQ=255)
aCGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTcc < 1:1069104/64‑1 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTa > 1:1446008/1‑64 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:274429/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:908380/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:2189398/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:2276825/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:1002682/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:2355540/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:849781/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:2425956/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:2507602/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:2516011/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:600003/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:835746/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:794580/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:477455/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:792491/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:534136/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:783127/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:543067/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:1874644/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:1468013/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:1425544/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:1793153/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:1180559/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:1915438/1‑65 (MQ=255)
aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTAc > 1:1967638/1‑65 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:1167490/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:1154594/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:1197533/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:174736/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:857294/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:1313728/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:1365141/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:1385558/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:140103/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:864327/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:1461726/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:444906/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:1147672/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:31223/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:2013530/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:2516417/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:1761170/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:2506426/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:2430197/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:2339290/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:2331360/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:2194148/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:2167073/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:2082708/65‑1 (MQ=255)
cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:207236/65‑1 (MQ=255)
acaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:1770969/64‑1 (MQ=255)
acaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg < 1:2247245/64‑1 (MQ=255)
|
TACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCG > W3110S.gb/2866784‑2866903
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
