Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R1 178 99.0 1887089 95.3% 1798395 63.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,303,631 C→T Q246Y (CAG→TAT)  oppA → oligopeptide transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,303,6310CT100.0% 578.0 / NA 158Q246Y (CAG→TAT) oppAoligopeptide transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/158);  total (0/158)

Only 100 of 158 total aligned reads displayed.

CCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAA  >  W3110S.gb/1303595‑1303660
                                    |                             
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:202546/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:450694/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:420316/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:383309/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:330274/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:299728/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:270618/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:263828/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:228136/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:457924/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1860409/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1846846/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1832321/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1704329/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1650024/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1625675/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1607989/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1861867/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:54586/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:564430/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:571995/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:658598/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:668056/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:739831/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:764059/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:778639/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:809541/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:84389/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:879340/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:927811/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:937677/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:956686/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:981499/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:153355/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1031281/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1049194/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1073446/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1119058/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1125889/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1133917/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1231550/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:129508/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1327986/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:135553/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1365912/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1415310/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1435045/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1441824/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1489035/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1531534/65‑1 (MQ=255)
ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1493769/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1685305/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:51829/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1526783/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1278392/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1247915/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:60138/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:656097/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1697747/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1185562/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:753071/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1145342/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:518451/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:787828/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:808626/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1670812/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1666059/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:845679/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:862864/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1091752/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:90475/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1651922/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1582778/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:316372/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1012861/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:186215/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:191140/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1442316/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1834088/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:234285/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:284481/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:297842/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1822938/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:481547/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:367441/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:177256/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:384294/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:407375/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:174612/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:461069/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:480968/65‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1729543/64‑1 (MQ=255)
 cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCAGaa  <  1:601519/65‑1 (MQ=255)
  gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1390655/64‑1 (MQ=255)
  gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1229423/64‑1 (MQ=255)
  gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:10386/64‑1 (MQ=255)
                    gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:868032/46‑1 (MQ=39)
                       atccGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1428486/41‑1 (MQ=37)
                          cGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa  <  1:1523890/40‑1 (MQ=38)
                              attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa   <  1:1342175/35‑1 (MQ=37)
                                    |                             
CCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAA  >  W3110S.gb/1303595‑1303660

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A