Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R1 178 99.0 1887089 95.3% 1798395 63.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,572,152 A→T F18I (TTC→ATC)  gadC ← predicted glutamate:gamma‑aminobutyric acid antiporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,572,1520AT100.0% 510.9 / NA 136F18I (TTC→ATC) gadCpredicted glutamate:gamma‑aminobutyric acid antiporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/136);  total (0/136)

Only 100 of 136 total aligned reads displayed.

CGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATG  >  W3110S.gb/1572132‑1572196
                    |                                            
cGATGCCTTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1626292/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:226048/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:485414/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:482270/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:472038/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:401711/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:364728/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:358561/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:328479/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:319821/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:312725/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:255919/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:250641/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:239019/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:513436/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:197858/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1881177/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1876216/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1836822/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1790466/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1781570/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1773982/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1769935/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1759126/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1731428/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:825500/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:981520/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:959119/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:909129/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:893564/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:891252/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:86753/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:852241/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:843862/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:84270/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:840078/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:827324/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:17486/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:760337/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:745400/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:733827/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:681471/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:671563/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:666966/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:642085/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:592618/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:591092/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:56144/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:528913/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1169836/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1405916/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1388332/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1718110/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1306456/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1282400/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1249787/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1238646/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1220423/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1218491/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1192931/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1187291/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1379702/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1169727/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1160674/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:115909/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1157010/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1138229/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:112980/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1086686/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1070791/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1035946/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1035639/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1415615/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1712449/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1707966/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1671976/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1671975/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1658687/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1654720/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1640693/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1622175/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1578451/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1553728/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:141359/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1472341/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:149374/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1499794/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1525898/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1533085/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1537784/65‑1 (MQ=255)
cGATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1564739/65‑1 (MQ=255)
 gATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:630891/64‑1 (MQ=255)
 gATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1655626/64‑1 (MQ=255)
 gATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:749172/64‑1 (MQ=255)
 gATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:865558/64‑1 (MQ=255)
 gATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1125536/64‑1 (MQ=255)
 gATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1710740/64‑1 (MQ=255)
 gATGCCGTTATGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1021757/64‑1 (MQ=255)
          aTGGCAAAGATTCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGATTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:117316/55‑1 (MQ=255)
               aaaGATTCCAAGTAATGTGAGCTTCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATg  <  1:1106091/50‑1 (MQ=255)
                    |                                            
CGATGCCGTTATGGCAAAGAATCCAAGTAATGTGAGCTGCTTAGCTTTACCTGTCTGTACTGATG  >  W3110S.gb/1572132‑1572196

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A