Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F28 I3 R1 176 0.0 1562086 58.2% 909134 66.5

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 1,869,132 G→A R208R (CGC→CGT)  ygcW ← predicted deoxygluconate dehydrogenase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,869,1320GA100.0% 741.5 / NA 201R208R (CGC→CGT) ygcWpredicted deoxygluconate dehydrogenase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (201/0);  total (201/0)

Only 100 of 201 total aligned reads displayed.

GAGTATCGCCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACGCGCTGATTGGTTTCTGGATTACTGCGTGTC  >  minE/1869068‑1869138
                                                                |      
gAGTATTACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:684067/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACgggt   >  1:1311590/1‑70 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACgggt   >  1:673943/1‑70 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACgggt   >  1:711990/1‑70 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACgggt   >  1:16503/1‑70 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACgggt   >  1:1066161/1‑70 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACgggt   >  1:223938/1‑70 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACgggt   >  1:1380844/1‑70 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACggg    >  1:1353750/1‑67 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:493094/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:473164/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:450760/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:37200/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:43589/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:418671/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:506403/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:396608/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:393477/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:38640/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:563272/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:361546/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:352176/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:326346/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:321711/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:319431/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:286375/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:281171/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:258183/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:242465/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:23501/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:704944/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:973919/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:955641/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:922081/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:908309/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:901666/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:884554/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:871290/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:851070/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:827549/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:783604/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:760715/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:527593/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:696875/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:688114/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:67804/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:649092/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:621845/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:598773/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:578214/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:567608/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:217986/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:542823/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1134016/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:131961/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:129578/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1276427/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1256613/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1237790/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1221679/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1206928/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1192314/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1186640/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1173664/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1152292/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1322973/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1127251/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1105289/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1095869/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1085464/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1073972/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1061054/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1050224/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1046472/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1030189/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1024621/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:132697/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1003289/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:203838/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:192843/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:188090/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:185323/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:182811/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:172969/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1555558/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1536627/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1501391/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1493530/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1489036/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1473262/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1466416/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1449991/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1440742/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1429450/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1417085/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1402301/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1393003/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:1359834/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:233618/1‑71 (MQ=255)
gAGTATCACCCCAACGGTTTGCCGGAATATGACCAAGAACACGCTGGTTAGTTTCTGGATTACTACGGGTc  >  1:73124/1‑71 (MQ=255)
                                                                |      
GAGTATCGCCCCAACGGTTTGCCGGAATATGATCAAGAACGCGCTGATTGGTTTCTGGATTACTGCGTGTC  >  minE/1869068‑1869138

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A