Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F28 I1 R2
|
146 |
74.7 |
3299319 |
84.8% |
2797822 |
66.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,097,909 |
T→C |
intergenic (+32/‑397) |
ydiK → / → ydiL |
predicted inner membrane protein/conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,097,909 | 0 | T | C | 100.0%
| 149.3
/ NA
| 41 | intergenic (+32/‑397) | ydiK/ydiL | predicted inner membrane protein/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (14/27); total (14/27) |
AACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATT > minE/1097864‑1097968
|
aaCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 1:806657/71‑1 (MQ=255)
aaCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 1:2574681/71‑1 (MQ=255)
aaCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 1:2803393/71‑1 (MQ=255)
aaCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 1:1470249/71‑1 (MQ=255)
aaCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 1:1773721/71‑1 (MQ=255)
aaCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 1:2031469/71‑1 (MQ=255)
aaCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 1:3075536/71‑1 (MQ=255)
aaCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 1:2807088/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:2443106/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:951100/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:2546639/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:281904/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:2876346/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:372050/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:463225/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:58603/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:808054/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:842407/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:2289558/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:2269691/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:2001498/71‑1 (MQ=255)
aCCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:2347591/71‑1 (MQ=255)
ccGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:775956/70‑1 (MQ=255)
aaGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgctt < 1:1796372/64‑1 (MQ=255)
tAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTccc > 1:3095217/1‑70 (MQ=255)
tAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTccc > 1:1444958/1‑70 (MQ=255)
atcaGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTc < 1:1468101/70‑1 (MQ=255)
atcaGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTc < 1:1157291/70‑1 (MQ=255)
ggcTCTGCCGCCTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATttgct < 1:2054929/44‑1 (MQ=255)
gccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAt > 1:1885812/1‑71 (MQ=255)
gccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAt > 1:1855183/1‑71 (MQ=255)
gccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAt > 1:2858057/1‑71 (MQ=255)
gccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAt > 1:349421/1‑71 (MQ=255)
gccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAt > 1:1922111/1‑71 (MQ=255)
gccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAt > 1:2711015/1‑71 (MQ=255)
gccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAt > 1:1420070/1‑71 (MQ=255)
gccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAt > 1:919421/1‑71 (MQ=255)
gccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAt > 1:1095219/1‑71 (MQ=255)
ccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAtt > 1:3022243/1‑71 (MQ=255)
ccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAtt > 1:683529/1‑71 (MQ=255)
ccgccTGATTGCTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCAtt > 1:1234941/1‑71 (MQ=255)
|
AACCGAATAAGTAATTTCTCATCAGGCGGCTCTGCCGCCTGATTGTTAACCACCGCTAATTGATATTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATT > minE/1097864‑1097968
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
