Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R2
|
230 |
93.6 |
4701257 |
96.3% |
4527310 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
580,895 |
C→T |
49.3% |
L311L (CTC→CTT) |
clpA → |
ATPase and specificity subunit of ClpA‑ClpP ATP‑dependent serine protease, chaperone activity |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 580,895 | 0 | C | T | 49.3%
| 2.2
/ 98.9
| 71 | L311L (CTC→CTT) | clpA | ATPase and specificity subunit of ClpA‑ClpP ATP‑dependent serine protease, chaperone activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/22); new base T (11/24); total (25/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCGAGAAA > minE/580828‑580961
|
ccATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCtttc > 1:4306324/1‑70 (MQ=255)
ccATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCtctc > 1:2198976/1‑70 (MQ=255)
ccATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCtctc > 1:3680148/1‑70 (MQ=255)
cATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCtctc > 1:495691/1‑69 (MQ=255)
ttATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGc > 1:1024471/1‑71 (MQ=255)
ttATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGc > 1:1326223/1‑71 (MQ=255)
aTCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCg < 1:3897322/70‑1 (MQ=255)
aTCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCg < 1:3839955/70‑1 (MQ=255)
cGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCgg > 1:3585800/1‑69 (MQ=255)
cGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCgg > 1:3591050/1‑69 (MQ=255)
ggTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTaa < 1:4583117/71‑1 (MQ=255)
ggTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTaa < 1:1922806/71‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTaaaa > 1:440892/1‑70 (MQ=255)
cGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAAt < 1:2096503/70‑1 (MQ=255)
ggTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCg < 1:3815423/71‑1 (MQ=255)
ggTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCg < 1:3458754/71‑1 (MQ=255)
gCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAg < 1:3959743/56‑1 (MQ=255)
cAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCgtgt > 1:1255798/1‑70 (MQ=255)
cAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCgtgt < 1:3320106/70‑1 (MQ=255)
cAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGATAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTa < 1:352805/71‑1 (MQ=255)
gCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAAt < 1:1203662/71‑1 (MQ=255)
cGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAAt > 1:3525637/1‑70 (MQ=255)
tCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTgg < 1:1013154/71‑1 (MQ=255)
tCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGATAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTgg > 1:2825913/1‑71 (MQ=255)
tggtggTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGtt > 1:2312411/1‑71 (MQ=255)
ggtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc > 1:2709154/1‑71 (MQ=255)
gtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc < 1:2097418/70‑1 (MQ=255)
gtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc < 1:2091907/70‑1 (MQ=255)
gtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc < 1:2459675/70‑1 (MQ=255)
gtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc < 1:1464761/70‑1 (MQ=255)
gtggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTc < 1:2425865/70‑1 (MQ=255)
tggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCg < 1:1554703/70‑1 (MQ=255)
ggtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCgtgt < 1:4624620/59‑1 (MQ=255)
gtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTaa < 1:4085120/49‑1 (MQ=255)
gtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACa < 1:1385837/71‑1 (MQ=255)
gtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGAc < 1:3896118/70‑1 (MQ=255)
gtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACa < 1:1252437/71‑1 (MQ=255)
gtCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACa < 1:3046061/71‑1 (MQ=255)
cAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAAc > 1:1606960/1‑71 (MQ=255)
tCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCgt > 1:376472/1‑50 (MQ=255)
tCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTAt < 1:2647746/71‑1 (MQ=255)
cGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTAt > 1:3652581/1‑70 (MQ=255)
aTGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAAt < 1:1505886/43‑1 (MQ=255)
aTGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTc < 1:4102217/45‑1 (MQ=255)
aTGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCg < 1:1491680/59‑1 (MQ=255)
aTGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCg < 1:4698090/59‑1 (MQ=255)
tGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTgg < 1:826200/54‑1 (MQ=255)
cGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAAcc < 1:289357/62‑1 (MQ=255)
ggCTAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCg < 1:1496293/42‑1 (MQ=255)
tAACCTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGtt > 1:216866/1‑69 (MQ=255)
aaCCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACa < 1:474565/54‑1 (MQ=255)
cTAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAAcc < 1:3561595/54‑1 (MQ=255)
tAATCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAg < 1:726386/59‑1 (MQ=255)
aaTCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCg > 1:2394305/1‑46 (MQ=255)
aaTCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACa > 1:1908496/1‑71 (MQ=255)
aaTCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACa > 1:2886139/1‑71 (MQ=255)
aTCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAAtt < 1:2701264/39‑1 (MQ=255)
tCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAg < 1:3711554/56‑1 (MQ=255)
tCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAtt < 1:2635694/71‑1 (MQ=255)
tCAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAtt < 1:4285266/71‑1 (MQ=255)
cAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCa > 1:1840380/1‑62 (MQ=255)
cAAACCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAttt > 1:3694892/1‑71 (MQ=255)
aaaCCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAttt > 1:1995805/1‑70 (MQ=255)
aaaCCGTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAttt > 1:2456718/1‑70 (MQ=255)
aaaCCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCa > 1:2919946/1‑53 (MQ=255)
aaaCCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAtttt > 1:4019444/1‑71 (MQ=255)
aaaCCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAttt < 1:981260/70‑1 (MQ=255)
aaaCCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACAttt < 1:3612374/70‑1 (MQ=255)
aaCCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTc < 1:1022223/71‑1 (MQ=255)
ccGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAg > 1:4441075/1‑51 (MQ=255)
ccGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCga < 1:3043784/71‑1 (MQ=255)
cGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCgag < 1:1501783/71‑1 (MQ=255)
gTTGCTTTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCgag > 1:2071536/1‑70 (MQ=255)
gCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCgaga < 1:56785/68‑1 (MQ=255)
gCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCGAGaaa < 1:218590/70‑1 (MQ=255)
tctcCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCg < 1:420317/63‑1 (MQ=255)
|
CCATTATCGGTGCGGGTGCAGCGTCTGGTGGTCAGGTCGATGCGGCTAACCTAATCAAACCGTTGCTCTCCAGCGGTAAAATTCGTGTAATTGGTTCGACAACCTATCAGGAGTTCAGCAACATTTTCGAGAAA > minE/580828‑580961
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
