Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F3 I0 R2
|
232 |
76.3 |
4135488 |
90.9% |
3759158 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,011,234 |
A→G |
26.9% |
H221R (CAC→CGC) |
rstB → |
sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,011,234 | 0 | A | G | 26.9%
| 169.2
/ 76.8
| 104 | H221R (CAC→CGC) | rstB | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/38); new base G (8/20); total (46/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATA > minE/1011166‑1011287
|
tAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCAc < 1:3916282/70‑1 (MQ=255)
tAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCAc < 1:1346551/70‑1 (MQ=255)
tAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCAc < 1:766421/70‑1 (MQ=255)
aCCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGaa < 1:51804/71‑1 (MQ=255)
aTGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCg < 1:2751483/71‑1 (MQ=255)
aTGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCg < 1:506582/71‑1 (MQ=255)
gACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCg < 1:3463743/65‑1 (MQ=255)
cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGt < 1:2470355/71‑1 (MQ=255)
cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGt < 1:2936234/71‑1 (MQ=255)
cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGt < 1:2063095/71‑1 (MQ=255)
cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGt < 1:1461586/71‑1 (MQ=255)
cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:654682/71‑1 (MQ=255)
cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:1990136/71‑1 (MQ=255)
cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:3144649/71‑1 (MQ=255)
atatCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:2543284/69‑1 (MQ=255)
atatCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:2302725/69‑1 (MQ=255)
atatCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:301971/69‑1 (MQ=255)
tatCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAg < 1:3289644/71‑1 (MQ=255)
tCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCa > 1:3614056/1‑49 (MQ=255)
tCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGt < 1:1060627/70‑1 (MQ=255)
aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgcg < 1:1574930/71‑1 (MQ=255)
aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgc > 1:2915873/1‑70 (MQ=255)
aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgc > 1:2685454/1‑70 (MQ=255)
aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgc > 1:489600/1‑70 (MQ=255)
aaCGACTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACAcc > 1:1588026/1‑62 (MQ=255)
cGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGc < 1:3351723/53‑1 (MQ=255)
ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:1422806/1‑54 (MQ=255)
ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:264420/1‑54 (MQ=255)
ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:2644101/1‑54 (MQ=255)
ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:877907/1‑54 (MQ=255)
ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:1233510/1‑54 (MQ=255)
ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:151304/1‑54 (MQ=255)
ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:3201746/1‑54 (MQ=255)
ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:3488946/1‑54 (MQ=255)
cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGc < 1:3836694/71‑1 (MQ=255)
cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGc < 1:2158168/71‑1 (MQ=255)
cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGc < 1:4114289/71‑1 (MQ=255)
cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGc < 1:2894158/71‑1 (MQ=255)
cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:312952/59‑1 (MQ=255)
cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:471729/59‑1 (MQ=255)
cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:1471874/59‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAaca < 1:3105696/54‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAaca < 1:1417699/54‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAaca < 1:2972927/54‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAaca < 1:2938100/54‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTCCGAaca < 1:9608/54‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACg < 1:3849376/43‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACg < 1:1623429/43‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACg < 1:3392533/43‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCg < 1:812817/50‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACAcctt < 1:447972/58‑3 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:375160/58‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:1810074/58‑1 (MQ=255)
tAATTGCCTGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCg < 1:508006/49‑1 (MQ=255)
aaTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGaa > 1:38669/1‑43 (MQ=255)
aaTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:488471/1‑50 (MQ=255)
aaTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAacac > 1:1458670/1‑53 (MQ=255)
aaTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAacac > 1:1832399/1‑53 (MQ=255)
aaTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAacac > 1:803033/1‑53 (MQ=255)
aaTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAacac > 1:3027670/1‑53 (MQ=255)
aaTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:108963/56‑1 (MQ=255)
gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATc < 1:1193984/70‑1 (MQ=255)
gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGaa > 1:1890172/1‑39 (MQ=255)
gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGaa > 1:785406/1‑39 (MQ=255)
gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGaa > 1:11431/1‑39 (MQ=255)
gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAg > 1:1975517/1‑55 (MQ=255)
gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAg > 1:3984777/1‑55 (MQ=255)
gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATc > 1:1841103/1‑70 (MQ=255)
gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATc > 1:3208414/1‑70 (MQ=255)
gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATc > 1:3824592/1‑70 (MQ=255)
aaaaaaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGga < 1:2159195/71‑1 (MQ=255)
aaaaaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTg > 1:1172281/1‑68 (MQ=255)
aaaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAaca > 1:908524/1‑39 (MQ=255)
aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:4087246/1‑70 (MQ=255)
aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:3892544/1‑70 (MQ=255)
aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:2884296/1‑70 (MQ=255)
aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:759097/1‑70 (MQ=255)
aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:3562383/1‑70 (MQ=255)
aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:1790501/1‑70 (MQ=255)
aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:3117728/1‑70 (MQ=255)
aGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAg < 1:1663912/42‑1 (MQ=255)
aGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:1230656/39‑1 (MQ=255)
aGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAg > 1:3598985/1‑42 (MQ=255)
aGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAg > 1:2249267/1‑42 (MQ=255)
aGCTTATTGACGGTATAGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAg > 1:2487789/1‑42 (MQ=255)
gCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCg < 1:2737911/71‑1 (MQ=255)
gCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCg < 1:2562230/71‑1 (MQ=255)
cTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCg < 1:3671065/70‑1 (MQ=255)
aTTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATa < 1:3338556/70‑1 (MQ=255)
gTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGga < 1:539302/52‑1 (MQ=255)
gTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGga < 1:2958099/52‑1 (MQ=255)
tATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTAt > 1:123401/1‑43 (MQ=255)
tATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTAt > 1:675801/1‑43 (MQ=255)
gCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGga > 1:3564799/1‑47 (MQ=255)
gCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGga > 1:1049653/1‑47 (MQ=255)
gCTCGCGAACTCCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGga > 1:2198872/1‑47 (MQ=255)
aCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGc < 1:1558376/50‑1 (MQ=255)
aCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGc < 1:1659530/50‑1 (MQ=255)
aCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGc < 1:3727125/50‑1 (MQ=255)
aCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGc < 1:2373896/50‑1 (MQ=255)
|
TAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATA > minE/1011166‑1011287
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
