Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F3 I0 R2
|
232 |
76.3 |
4135488 |
90.9% |
3759158 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,697,632 |
A→G |
22.4% |
Y195C (TAT→TGT) |
yfhR → |
predicted peptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,697,632 | 0 | A | G | 22.4%
| 196.5
/ 57.8
| 98 | Y195C (TAT→TGT) | yfhR | predicted peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/40); new base G (7/15); total (43/55) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
ATGTTATTGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTTGATGAGAGTTACAGCGGC > minE/1697566‑1697696
|
aTGTTATTGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCa < 1:42271/71‑1 (MQ=255)
tGTTATTGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCaa > 1:3688540/1‑71 (MQ=255)
gTTATTGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAAc > 1:2903344/1‑71 (MQ=255)
gTTATTGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAAc > 1:3727518/1‑71 (MQ=255)
aTTGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCAt > 1:3387699/1‑71 (MQ=255)
ttGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCAt < 1:1984676/70‑1 (MQ=255)
ttGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCAt < 1:2837985/70‑1 (MQ=255)
ttGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCAt < 1:1396552/70‑1 (MQ=255)
ttGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATc < 1:893631/71‑1 (MQ=255)
tGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATc < 1:4124520/70‑1 (MQ=255)
ggTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGc > 1:1424233/1‑71 (MQ=255)
cGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGa > 1:1099291/1‑70 (MQ=255)
cGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGAt > 1:2116946/1‑71 (MQ=255)
cGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGAt > 1:537035/1‑71 (MQ=255)
gTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATc < 1:4011440/71‑1 (MQ=255)
gTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATc < 1:1734684/71‑1 (MQ=255)
gTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATc < 1:1729558/71‑1 (MQ=255)
gAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATg < 1:3509358/66‑1 (MQ=255)
aaGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAATg < 1:1481056/65‑1 (MQ=255)
ggCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCgg < 1:131624/71‑1 (MQ=255)
gCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAAt < 1:4000483/61‑1 (MQ=255)
gCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAAt < 1:1016813/61‑1 (MQ=255)
gCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAAt < 1:1652780/61‑1 (MQ=255)
gCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAAt < 1:323440/61‑1 (MQ=255)
gCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAAt < 1:3251041/61‑1 (MQ=255)
gCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAAt < 1:4044812/61‑1 (MQ=255)
gCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGc < 1:2727542/71‑1 (MQ=255)
gCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGc < 1:21714/71‑1 (MQ=255)
gCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGc < 1:2100879/71‑1 (MQ=255)
gCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGc < 1:894413/71‑1 (MQ=255)
gCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGc < 1:1277760/71‑1 (MQ=255)
aTACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAg > 1:503493/1‑71 (MQ=255)
aTACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAg > 1:85533/1‑71 (MQ=255)
tACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGccaaccaa < 1:3680437/56‑1 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTa > 1:1397790/1‑35 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTa > 1:2240224/1‑35 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTa > 1:4066049/1‑35 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCa > 1:2512264/1‑43 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAAt > 1:1033006/1‑56 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAAt > 1:3188585/1‑56 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAAt > 1:1688976/1‑56 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAAt > 1:3644604/1‑56 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAAt > 1:2731556/1‑56 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGAt > 1:2311419/1‑59 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGAt > 1:2731915/1‑59 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGAt > 1:3594457/1‑59 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAg > 1:3232558/1‑68 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTgg > 1:3363968/1‑71 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTgg > 1:1281/1‑71 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTgg > 1:1512266/1‑71 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTgg > 1:225991/1‑71 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTgg > 1:3631077/1‑71 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTg < 1:2425206/70‑1 (MQ=255)
cGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCATCTTa > 1:3469951/1‑35 (MQ=255)
tGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTTCAACCATCGCCAACCAAAt < 1:1694980/54‑1 (MQ=255)
tGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGc < 1:2884701/64‑1 (MQ=255)
tGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGc < 1:2973276/64‑1 (MQ=255)
tGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGc < 1:3860802/64‑1 (MQ=255)
tGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGc < 1:545346/64‑1 (MQ=255)
tGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGc < 1:2518387/64‑1 (MQ=255)
tGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGccaacca < 1:3098936/51‑1 (MQ=255)
tGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGccaacca < 1:2252205/51‑1 (MQ=255)
tGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGccaacca < 1:1924158/51‑1 (MQ=255)
cGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCtac > 1:3971781/1‑71 (MQ=255)
ggTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATc < 1:1028303/55‑1 (MQ=255)
aTCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCtacttact > 1:2665399/1‑71 (MQ=255)
aTCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCtacttact > 1:865471/1‑71 (MQ=255)
aTCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCtacttact > 1:3137949/1‑71 (MQ=255)
ccTCGACTCCACATTTGCTTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTacttactt > 1:2917546/1‑70 (MQ=255)
ccTCGACTCCACATTTGCTTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTacttactt > 1:3339243/1‑70 (MQ=255)
ccTCGACTCCACATTTGCTTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTacttactt > 1:3150152/1‑70 (MQ=255)
ccTCGACTCCACATTTGCTTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTacttactt > 1:1299697/1‑70 (MQ=255)
ccTCGACTCCACATTTGCTTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATACCCGGCAGTGGCTacttactt > 1:214317/1‑70 (MQ=255)
ccTCGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTacttactt > 1:2527882/1‑70 (MQ=255)
cTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGc < 1:3786783/54‑1 (MQ=255)
cGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGccaa > 1:1065133/1‑36 (MQ=255)
cGACTCCACATTTGCCTCTTGTGCAACCATCGccaa > 1:1600391/1‑36 (MQ=255)
gACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCCTCGCCAACCAAATGATCCCCTGc < 1:1408790/51‑1 (MQ=255)
tCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGccaacca < 1:10146/35‑1 (MQ=255)
tCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGccaacca < 1:2212269/35‑1 (MQ=255)
tCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGccaacca < 1:3028516/35‑1 (MQ=255)
cacaTTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATc > 1:191682/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATc > 1:2597403/1‑40 (MQ=255)
caTTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCt < 1:3496962/51‑1 (MQ=255)
caTTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCt < 1:197317/51‑1 (MQ=255)
caTTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCt < 1:2583265/51‑1 (MQ=255)
caTTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCt < 1:3028390/51‑1 (MQ=255)
caTTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCt < 1:1478111/51‑1 (MQ=255)
caTTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTtgatga < 1:713776/64‑1 (MQ=255)
caTTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTTGATGAGAGTTAc < 1:293514/71‑1 (MQ=255)
caTTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTTGATGAGAGTTAc < 1:4081525/71‑1 (MQ=255)
tttGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCtactt < 1:2070684/53‑1 (MQ=255)
tGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTTGATGAGAGTTACAgcg > 1:1765460/1‑71 (MQ=255)
ccTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTTGATGAGAGTTAc < 1:1366570/65‑1 (MQ=255)
ctctTGTGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTTGATGAGAGTTACAgcggc < 1:3241364/70‑1 (MQ=255)
ctTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTtg < 1:1094675/51‑1 (MQ=255)
ttATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTTGATGAGAGt > 1:707579/1‑58 (MQ=255)
ttATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTTGATGAGAGTTACAgc < 1:125492/64‑1 (MQ=255)
ttATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTTGATGAGAGTTACAgc < 1:2421785/64‑1 (MQ=255)
ttATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTTGATGAGAGTTACAgc < 1:218160/64‑1 (MQ=255)
|
ATGTTATTGGTCGGGGTGATCGTGAAGGCATACGTGCGGTGATCCTCGACTCCACATTTGCCTCTTATGCAACCATCGCCAACCAAATGATCCCCGGCAGTGGCTACTTACTTGATGAGAGTTACAGCGGC > minE/1697566‑1697696
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
