Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R2 68 0.0 1607493 93.4% 1501398 66.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,575,835 G→T A400E (GCG→GAG)  maeB ← fused malic enzyme predicted oxidoreductase and predicted phosphotransacetylase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,575,8350GT100.0% 640.6 / NA 170A400E (GCG→GAG) maeBfused malic enzyme predicted oxidoreductase and predicted phosphotransacetylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (170/0);  total (170/0)

Only 100 of 170 total aligned reads displayed.

AGCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCGCGGCTTTA  >  W3110S.gb/2575775‑2575843
                                                            |        
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCTGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1144520/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGCCGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1326991/1‑69 (MQ=255)
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agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCttt   >  1:620338/1‑68 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCttt   >  1:1176525/1‑68 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCttt   >  1:747724/1‑68 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCttt   >  1:116718/1‑68 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCttt   >  1:636181/1‑68 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCttt   >  1:1131585/1‑68 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCttt   >  1:372364/1‑68 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCttt   >  1:694514/1‑68 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCttt   >  1:680559/1‑68 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCttt   >  1:1058725/1‑68 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:648659/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:649233/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:317019/1‑69 (MQ=255)
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agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:264799/1‑69 (MQ=255)
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agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:172331/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:166190/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:162407/1‑69 (MQ=255)
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agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1592955/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:157582/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:299525/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1561058/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1549060/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1540136/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1528179/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1526207/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1506990/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1444004/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1439872/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1423292/1‑69 (MQ=255)
agCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCTCGGCTTTa  >  1:1418551/1‑69 (MQ=255)
                                                            |        
AGCTTGTCGATGTAGACGTCGAAATCAGCAATCGGACGAGTCGCCACGCCCGACTCCATCGCGGCTTTA  >  W3110S.gb/2575775‑2575843

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A