Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,575,876 |
T→C |
59.1% |
N517N (AAT→AAC) |
glyS → |
glycine tRNA synthetase, beta subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,575,876 | 0 | T | C | 59.1%
| 23.7
/ 41.1
| 61 | N517N (AAT→AAC) | glyS | glycine tRNA synthetase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/11); new base C (16/20); total (30/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 |
CCTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCA > minE/2575816‑2575935
|
ccTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGt < 1:2903743/69‑1 (MQ=255)
ccTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGt < 1:1557292/69‑1 (MQ=255)
cTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGt < 1:1800849/68‑1 (MQ=255)
cTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGt < 1:2425691/68‑1 (MQ=255)
cTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTa > 1:603254/1‑69 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:204046/68‑1 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:1582012/68‑1 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:538395/68‑1 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3392923/68‑1 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3192420/68‑1 (MQ=255)
tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3031469/68‑1 (MQ=255)
cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:522237/1‑69 (MQ=255)
cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:2284143/1‑69 (MQ=255)
cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:2162804/1‑69 (MQ=255)
tGACTGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGt > 1:1805273/1‑55 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTAt > 1:997117/1‑67 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2803865/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1091088/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2705100/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2555740/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2331240/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:947011/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2878658/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1966772/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1953432/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1852396/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:3062503/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:3384117/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:97867/1‑68 (MQ=255)
tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:675554/1‑68 (MQ=255)
ccGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:1238307/54‑1 (MQ=255)
tGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTcc > 1:1689922/1‑69 (MQ=255)
tGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTcc > 1:1628033/1‑69 (MQ=255)
tGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTcc > 1:2709387/1‑69 (MQ=255)
gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:2349632/1‑60 (MQ=255)
gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:156449/1‑60 (MQ=255)
gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:306422/1‑60 (MQ=255)
gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:887786/1‑60 (MQ=255)
gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCt > 1:503611/1‑69 (MQ=255)
gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCt > 1:1783331/1‑69 (MQ=255)
gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCt > 1:1990777/1‑69 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTTGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1866973/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATTCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2567687/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATct < 1:1747685/68‑2 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATct < 1:1743845/68‑2 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1492207/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:632058/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:944810/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1373532/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1351693/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1304114/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1696816/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1834727/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:3024256/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1967913/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2145304/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2617712/68‑1 (MQ=255)
cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2198278/68‑1 (MQ=255)
tGACTAACGCCTACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTAGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:3147531/67‑1 (MQ=255)
tGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:366804/67‑1 (MQ=255)
tGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2339062/67‑1 (MQ=255)
|
CCTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCA > minE/2575816‑2575935
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
