Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R2 68 0.0 1607493 93.4% 1501398 66.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,358,271 A→G K1262R (AAA→AGA)  gltB → glutamate synthase, large subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,358,2710AG100.0% 383.3 / NA 103K1262R (AAA→AGA) gltBglutamate synthase, large subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (103/0);  total (103/0)

Only 100 of 103 total aligned reads displayed.

CGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAAAACCTT  >  W3110S.gb/3358209‑3358277
                                                              |      
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCGACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1081922/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:418830/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:611545/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:589246/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:572599/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:534366/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:503095/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:499672/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:481515/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:47041/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:464430/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:450630/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:445856/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:434530/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:637192/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:40994/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:378911/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:37289/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:350575/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:326169/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:316550/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:30872/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:266840/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:264477/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:241250/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1010967/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:890081/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:994572/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:969120/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:968065/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:945907/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:943726/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:928737/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:928171/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:926183/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:908475/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:904682/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:898527/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:233916/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:887346/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:798699/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:79675/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:789568/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:777547/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:755765/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:718548/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:70274/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:690653/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:678033/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:649315/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1145956/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:231502/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1302997/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1301340/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1232671/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1227465/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1221884/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1200815/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1200152/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1197288/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1178998/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1173026/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1330501/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1138370/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1135209/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1100860/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1081435/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1079640/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1076593/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1047110/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1043579/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1034430/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1030908/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1030057/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1350741/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:230701/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:22462/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:211010/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:210360/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:202026/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:194555/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:187130/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:182138/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:163232/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1508534/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1503514/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1493673/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1491072/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1479088/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1469212/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:14273/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1389669/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1371158/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1368214/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:136580/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1345837/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCta  >  1:66084/1‑68 (MQ=255)
cGGCCTGCTAAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:451327/1‑69 (MQ=255)
cGGCCTGCAGAACGCGCAGTTGCAGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCtt  >  1:1160489/1‑69 (MQ=255)
aggCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAGAACCt   >  1:1536805/2‑68 (MQ=255)
                                                              |      
CGGCCTGCTGAACGCGCAGTTGCTGCAACAGGCGAAACCGTTTGTCGATGAGCGCCAGAGCAAAACCTT  >  W3110S.gb/3358209‑3358277

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A