Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
279,186 |
G→A |
34.2% |
S298S (AGC→AGT) |
cyoA ← |
cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 279,186 | 0 | G | A | 34.2%
| 106.7
/ 75.0
| 134 | S298S (AGC→AGT) | cyoA | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/29); new base A (7/39); total (66/68) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-09 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTT > minE/279138‑279245
|
ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCAc > 1:713816/1‑59 (MQ=255)
ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:3318983/1‑69 (MQ=255)
ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:2970339/1‑69 (MQ=255)
ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:2502658/1‑69 (MQ=255)
ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:2310675/1‑69 (MQ=255)
ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:2498596/1‑69 (MQ=255)
ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:2974119/1‑69 (MQ=255)
ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggct > 1:1657080/1‑68 (MQ=255)
ctgATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCACtg > 1:255614/3‑50 (MQ=39)
cGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCACtg > 1:600707/1‑50 (MQ=255)
cGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCACtg > 1:1297904/1‑50 (MQ=255)
gcgTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1834106/68‑1 (MQ=255)
gcgTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1071128/68‑1 (MQ=255)
cgTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:3353532/67‑1 (MQ=255)
gCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGct > 1:2434642/1‑69 (MQ=255)
gCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGct > 1:855515/1‑69 (MQ=255)
gCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGct > 1:2183000/1‑69 (MQ=255)
cATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCtt < 1:764159/69‑1 (MQ=255)
cATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCtt < 1:2250814/69‑1 (MQ=255)
cATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCtt < 1:2196496/69‑1 (MQ=255)
cATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCtt < 1:3393566/69‑1 (MQ=255)
cATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCtt < 1:648066/69‑1 (MQ=255)
gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:497113/68‑1 (MQ=255)
gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:583994/68‑1 (MQ=255)
gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:3011377/68‑1 (MQ=255)
gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:2582732/68‑1 (MQ=255)
gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:1951202/68‑1 (MQ=255)
gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:71051/68‑1 (MQ=255)
gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:3301634/68‑1 (MQ=255)
cATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTg > 1:582428/1‑69 (MQ=255)
cATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTg > 1:149601/1‑69 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGTCTGGGTCATGTCCa < 1:3343008/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCTTGTCCa < 1:438772/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1769257/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:2783104/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:2936395/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1674945/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:3342958/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1667934/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1626141/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1528479/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:2355969/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1494886/49‑1 (MQ=255)
tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:238800/49‑1 (MQ=255)
ccATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:946794/48‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATaaa < 1:1858865/68‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATaaa < 1:2909702/68‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATaaa < 1:1934877/68‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:517159/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:2054676/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:376270/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:2749698/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:2660527/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:3013759/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1102161/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1561481/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1329926/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:821368/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1413464/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:3073446/44‑1 (MQ=255)
aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:3209750/44‑1 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCg > 1:607269/1‑56 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:3323229/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:2228679/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:428088/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:2541516/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:2372347/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:619577/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:1919702/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:1738068/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:1717905/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:1023570/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:948567/1‑69 (MQ=255)
tACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:3166343/45‑1 (MQ=255)
aCCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:226847/1‑69 (MQ=255)
aCCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1790520/1‑69 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCCCCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:172036/1‑68 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:3411177/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2474377/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2113801/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:1017299/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:1238131/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:1454538/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:1895129/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:3045459/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2314040/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:237367/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2406227/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2658846/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:266832/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2857694/1‑63 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1013205/1‑68 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1998564/1‑68 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1996729/1‑68 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1804137/1‑68 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:2764297/1‑68 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1381512/1‑68 (MQ=255)
ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:2817224/1‑68 (MQ=255)
ttCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGtt < 1:1363525/69‑1 (MQ=255)
ttCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCAAAAACTTGtt < 1:1499136/69‑1 (MQ=255)
|
GGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTT > minE/279138‑279245
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
