Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 297,573 G→C 51.3% R78R (CGG→CGC)  mdlA → fused predicted multidrug transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE297,5730GC51.3% 9.9 / 189.5 152R78R (CGG→CGC) mdlAfused predicted multidrug transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (32/42);  new base C (42/36);  total (74/78)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 154 total aligned reads displayed.

TCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCG  >  minE/297506‑297617
                                                                   |                                            
tCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCggg                                             >  1:127338/1‑69 (MQ=255)
 ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt                                            <  1:1081101/69‑1 (MQ=255)
 ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt                                            <  1:280405/69‑1 (MQ=255)
 ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt                                            >  1:266316/1‑69 (MQ=255)
 ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt                                            <  1:2334288/69‑1 (MQ=255)
 ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt                                            >  1:461294/1‑69 (MQ=255)
 ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt                                            <  1:1965375/69‑1 (MQ=255)
 ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt                                            <  1:571098/69‑1 (MQ=255)
 ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTCATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt                                            <  1:2546848/69‑1 (MQ=255)
  cTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt                                            <  1:2995160/68‑1 (MQ=255)
  cTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt                                            <  1:2763211/68‑1 (MQ=255)
  cTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt                                            <  1:768057/68‑1 (MQ=255)
      tgtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGc                                       >  1:1947757/1‑69 (MQ=255)
      tgtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGc                                       >  1:3207375/1‑69 (MQ=255)
      tgtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGc                                       >  1:2624771/1‑69 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTTATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:1146997/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTg                                        <  1:1653843/67‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:3034619/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:2558369/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:2537691/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:2476110/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:3185755/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:1107508/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:2801528/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:3303657/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:2164791/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:2161987/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:51839/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:1188541/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:853378/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:783929/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:576716/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:57853/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:1408042/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:1448788/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:592443/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:1477789/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:1689102/68‑1 (MQ=255)
       gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:1638936/68‑1 (MQ=255)
        tgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTg                                     >  1:1174300/1‑69 (MQ=255)
        tgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTg                                     >  1:138788/1‑69 (MQ=255)
        tgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTg                                     >  1:2344833/1‑69 (MQ=255)
                      ggTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCt                         >  1:1872100/1‑67 (MQ=255)
                      ggTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCt                         >  1:1843301/1‑67 (MQ=255)
                      ggTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTAAGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTc                          >  1:2233372/1‑66 (MQ=255)
                      ggTGCTGATTGCCGGTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCtt                        >  1:1137002/1‑68 (MQ=255)
                       gTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc                                       <  1:1534897/52‑1 (MQ=255)
                       gTGATGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGG‑GGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc                     <  1:2871897/69‑1 (MQ=255)
                         gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTTGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc                     <  1:1697969/68‑1 (MQ=255)
                         gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc                     <  1:900900/68‑1 (MQ=255)
                         gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc                     <  1:2973564/68‑1 (MQ=255)
                         gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc                     <  1:2704676/68‑1 (MQ=255)
                         gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc                     <  1:1446043/68‑1 (MQ=255)
                         gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc                     <  1:312519/68‑1 (MQ=255)
                         gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc                     <  1:3150956/68‑1 (MQ=255)
                                    ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg         <  1:404867/69‑1 (MQ=255)
                                    ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg         <  1:366344/69‑1 (MQ=255)
                                    ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg         <  1:3016996/69‑1 (MQ=255)
                                    ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg         <  1:3080510/69‑1 (MQ=255)
                                    ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg         <  1:955810/69‑1 (MQ=255)
                                    ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg         <  1:879044/69‑1 (MQ=255)
                                    ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg         <  1:2623216/69‑1 (MQ=255)
                                    ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg         <  1:1923744/69‑1 (MQ=255)
                                     tgtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg         <  1:411610/68‑1 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg         <  1:3368296/67‑1 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:1352759/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:2360624/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:2308291/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGTTGTTGaa       >  1:3333673/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:2895321/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:1075432/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:1321452/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:629272/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:2005954/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:2076076/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:216823/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:290898/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:2760717/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:2591559/1‑69 (MQ=255)
                                      gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa       >  1:2558105/1‑69 (MQ=255)
                                            tATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCg  >  1:3411799/1‑68 (MQ=255)
                                            tATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCg  >  1:231654/1‑68 (MQ=255)
                                            tATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCg  >  1:1831027/1‑68 (MQ=255)
                                            tATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCg  >  1:1410861/1‑68 (MQ=255)
                                            tATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCg  >  1:71111/1‑68 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:1778166/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:902296/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:1093487/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:1242228/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:806360/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:605643/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:36485/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:1819417/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:2476569/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:543189/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:3156252/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:509878/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:459734/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:3358606/1‑45 (MQ=255)
                                                   tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc                  >  1:2214050/1‑45 (MQ=255)
                                                                   |                                            
TCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCG  >  minE/297506‑297617

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A