Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
299,608 |
A→G |
37.7% |
A168A (GCA→GCG) |
mdlB → |
fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 299,608 | 0 | A | G | 37.7%
| 25.0
/ 32.1
| 53 | A168A (GCA→GCG) | mdlB | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/15); new base G (4/16); total (22/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.69e-01 |
CTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGT > minE/299543‑299665
|
cTGCGTAGCGCCGCACTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCtg > 1:2334854/1‑69 (MQ=255)
cTGCGTAGCGCCGCACTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCtg > 1:581008/1‑69 (MQ=255)
cTGCGTAGCGCCGCACTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCtg > 1:2802075/1‑69 (MQ=255)
cTGCGTAGCGCCGCACTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCtg > 1:1603356/1‑69 (MQ=255)
gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:2397885/1‑69 (MQ=255)
gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:2335621/1‑69 (MQ=255)
gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:645625/1‑69 (MQ=255)
gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:1427592/1‑69 (MQ=255)
gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:493437/1‑69 (MQ=255)
gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:2332416/1‑69 (MQ=255)
gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:3399699/1‑69 (MQ=255)
gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:2135579/1‑69 (MQ=255)
gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:2601227/1‑69 (MQ=255)
cgcgATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCggt > 1:907341/1‑69 (MQ=255)
cgcgATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCggt > 1:2166203/1‑69 (MQ=255)
cgcgATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCggt > 1:2522431/1‑69 (MQ=255)
tGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:2534268/69‑1 (MQ=255)
tGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:2007767/69‑1 (MQ=255)
tGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:115653/69‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:257458/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:773034/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGTTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:2428487/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:2636136/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:3215395/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:37384/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:2400489/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1122515/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1318724/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:2083084/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1945359/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1422615/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1671817/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1455308/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:2362819/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1212695/68‑1 (MQ=255)
ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1480537/68‑1 (MQ=255)
gCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTa > 1:693210/1‑69 (MQ=255)
cAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGa < 1:3315575/68‑1 (MQ=255)
cTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGatat > 1:3298142/1‑67 (MQ=255)
cTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGatat > 1:1062459/1‑67 (MQ=255)
cTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGatat > 1:1548117/1‑67 (MQ=255)
cTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGatat > 1:2352249/1‑67 (MQ=255)
cTCGACTGGAGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAAt > 1:60611/1‑59 (MQ=255)
tGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1471250/46‑1 (MQ=255)
tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:361595/69‑1 (MQ=255)
tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:935895/69‑1 (MQ=255)
tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:938620/69‑1 (MQ=255)
tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:547594/69‑1 (MQ=255)
tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:1540395/69‑1 (MQ=255)
tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:179619/69‑1 (MQ=255)
ggCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGAtata < 1:1771331/61‑1 (MQ=255)
ggCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGAtata < 1:949751/61‑1 (MQ=255)
aaTGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:3155841/38‑1 (MQ=255)
|
CTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGT > minE/299543‑299665
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
