Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
307,962 |
C→T |
47.4% |
A142A (GCG→GCA) |
maa ← |
maltose O‑acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 307,962 | 0 | C | T | 47.4%
| 13.8
/ 105.4
| 123 | A142A (GCG→GCA) | maa | maltose O‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/20); new base T (13/45); total (58/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.41e-01 |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TTTTGTGACAACTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTATTA > minE/307896‑308028
|
ttttGTGACAACTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACcgc > 1:3392885/1‑69 (MQ=255)
ttttGTGACAACTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACcgc > 1:3214507/1‑69 (MQ=255)
aaCTGCACCTTAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:1396640/1‑69 (MQ=255)
aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCGCCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGc > 1:2487505/1‑68 (MQ=255)
aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:1281767/1‑69 (MQ=255)
aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:1377391/1‑69 (MQ=255)
aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:3130761/1‑69 (MQ=255)
aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:2816267/1‑69 (MQ=255)
aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGc > 1:1583510/1‑68 (MQ=255)
tGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCA‑CAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1180354/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGTCTACCACGACGTTATCACAAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:3177707/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGTCTGCACGTCCGCCAATc < 1:1358669/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:3217135/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:2613989/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:32495/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1057894/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:2730075/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:360399/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1528231/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:2495089/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:960902/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1160343/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:2594511/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:2526727/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:748833/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:614468/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1300904/69‑1 (MQ=255)
gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGCCCGCCAATc < 1:1323957/69‑1 (MQ=255)
cACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1817965/68‑1 (MQ=255)
cACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:3069922/68‑1 (MQ=255)
gAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1909393/63‑1 (MQ=255)
gAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1413347/63‑1 (MQ=255)
gCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:2204793/67‑1 (MQ=255)
cTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:554922/66‑1 (MQ=255)
tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGTGTTAATGACAGCACGTCCGCCAATCCAGACGatatt > 1:265432/1‑69 (MQ=255)
tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGAc > 1:2756949/1‑63 (MQ=255)
tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:2349015/1‑69 (MQ=255)
tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:3265198/1‑69 (MQ=255)
tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:2879929/1‑69 (MQ=255)
tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:1983874/1‑69 (MQ=255)
tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:1401369/1‑69 (MQ=255)
tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:78548/1‑69 (MQ=255)
tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:1192833/1‑69 (MQ=255)
tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:1063424/1‑69 (MQ=255)
aCCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGttatta > 1:2926268/1‑69 (MQ=255)
acgacgTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTAcc < 1:53231/68‑1 (MQ=255)
gTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGt < 1:2708756/69‑1 (MQ=255)
aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCGAGACGttatta > 1:2937357/1‑58 (MQ=255)
aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:2625006/1‑69 (MQ=255)
aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:898137/1‑69 (MQ=255)
aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:1248615/1‑69 (MQ=255)
aTGGTCACACCAGGGGTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:832893/39‑1 (MQ=37)
gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:3382092/44‑1 (MQ=255)
gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:660291/44‑1 (MQ=255)
gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:1796976/44‑1 (MQ=255)
gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:1800787/44‑1 (MQ=255)
gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:1981711/44‑1 (MQ=255)
gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:2232631/44‑1 (MQ=255)
gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTAcc > 1:2837216/1‑50 (MQ=255)
gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTcccc > 1:878908/1‑69 (MQ=255)
gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTcccc > 1:1621464/1‑69 (MQ=255)
gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTcccc > 1:2752132/1‑69 (MQ=255)
cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:969844/41‑1 (MQ=255)
cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:1227248/41‑1 (MQ=255)
cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:780223/41‑1 (MQ=255)
cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:2370796/41‑1 (MQ=255)
cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:2738408/41‑1 (MQ=255)
cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:1305368/41‑1 (MQ=255)
cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:479709/41‑1 (MQ=255)
cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:1571172/41‑1 (MQ=255)
cacaCCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg < 1:729310/69‑1 (MQ=255)
cacaCCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg < 1:1527227/69‑1 (MQ=255)
acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:1685476/1‑68 (MQ=255)
acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:2318558/1‑68 (MQ=255)
acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:1122163/1‑68 (MQ=255)
acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:1869107/1‑68 (MQ=255)
acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:281283/1‑68 (MQ=255)
acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:2207569/1‑68 (MQ=255)
acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATgg > 1:318767/1‑50 (MQ=255)
acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTc > 1:3022294/1‑69 (MQ=255)
acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTc > 1:1281313/1‑69 (MQ=255)
gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:238958/35‑1 (MQ=255)
gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCa > 1:2595318/1‑69 (MQ=255)
gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCa > 1:490299/1‑69 (MQ=255)
gTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:810501/1‑60 (MQ=255)
gTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:2032943/1‑60 (MQ=255)
gTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:587550/1‑60 (MQ=255)
gTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:2412532/1‑60 (MQ=255)
aCCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTATTa > 1:689582/1‑69 (MQ=255)
cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGttt > 1:618554/1‑45 (MQ=255)
cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTa > 1:2301179/1‑64 (MQ=255)
cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:884659/1‑65 (MQ=255)
cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:3246102/1‑65 (MQ=255)
cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:2850221/1‑65 (MQ=255)
cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:2971634/1‑65 (MQ=255)
cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:728076/1‑65 (MQ=255)
cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:519000/1‑65 (MQ=255)
cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:469654/1‑65 (MQ=255)
cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:422008/1‑65 (MQ=255)
cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:1689514/1‑65 (MQ=255)
|
TTTTGTGACAACTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTATTA > minE/307896‑308028
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
