Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
321,373 |
C→T |
81.4% |
A271A (GCC→GCT) |
dnaX → |
DNA polymerase III/DNA elongation factor III, tau and gamma subunits |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 321,373 | 0 | C | T | 81.4%
| 69.6
/ 7.9
| 48 | A271A (GCC→GCT) | dnaX | DNA polymerase III/DNA elongation factor III, tau and gamma subunits |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/6); new base T (25/14); total (28/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.37e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
GGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGCTCGGCCTGTTGCATCGTATT > minE/321334‑321436
|
ggCGAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1893929/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:2461333/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:771437/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:573953/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:478689/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:46228/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:364200/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:3416008/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:3199215/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:302713/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:2953489/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:2802989/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:2630737/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:2084844/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:851982/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1941336/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1500299/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1026264/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1907677/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1794105/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1795794/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:190637/1‑69 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGt > 1:1170387/1‑68 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGt > 1:1410941/1‑68 (MQ=255)
ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGt > 1:3289233/1‑68 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTTGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:603431/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:1428676/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:1292412/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:1394982/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:3368808/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:245916/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:3064328/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:3052747/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:2045624/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:1865228/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:2148196/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:2699572/69‑1 (MQ=255)
gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:797674/69‑1 (MQ=255)
cgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGCTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:3333608/68‑1 (MQ=255)
aTGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt < 1:2801337/50‑1 (MQ=255)
aTGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt < 1:1410169/50‑1 (MQ=255)
aTGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt < 1:1819108/50‑1 (MQ=255)
aTGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt < 1:506613/50‑1 (MQ=255)
aTGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt < 1:2596406/50‑1 (MQ=255)
aaTGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGCTCGGCCTGTTGCATCGt < 1:894282/69‑1 (MQ=255)
aaGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGCTCGGCCTGTTGCATCGTAtt > 1:2522086/1‑68 (MQ=255)
aaGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGCTCGGCCTGTTGCATCGTAtt > 1:1973944/1‑68 (MQ=255)
aaGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGCTCGGCCTGTTGCATCGTAtt > 1:1123345/1‑68 (MQ=255)
|
GGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGCTCGGCCTGTTGCATCGTATT > minE/321334‑321436
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
