Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
337,371 |
C→T |
25.7% |
R826R (CGG→CGA) |
copA ← |
copper transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 337,371 | 0 | C | T | 25.7%
| 135.8
/ 41.4
| 112 | R826R (CGG→CGA) | copA | copper transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/56); new base T (8/21); total (35/77) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.91e-01 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCG > minE/337307‑337417
|
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt > 1:2440816/1‑69 (MQ=255)
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt > 1:899646/1‑69 (MQ=255)
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt > 1:1641058/1‑69 (MQ=255)
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt > 1:2006060/1‑69 (MQ=255)
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt > 1:1407868/1‑69 (MQ=255)
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt > 1:1258756/1‑69 (MQ=255)
aCCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGt < 1:1374239/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:546453/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:3180433/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:3251648/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:407212/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:2950095/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:514896/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:566504/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:2935192/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:63811/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:81472/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:844021/69‑1 (MQ=255)
ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:2319742/69‑1 (MQ=255)
cTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:2421952/68‑1 (MQ=255)
cTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa < 1:3068766/68‑1 (MQ=255)
tAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACt < 1:2502733/69‑1 (MQ=255)
agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCAc > 1:3229767/1‑69 (MQ=255)
agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCAc > 1:62189/1‑69 (MQ=255)
agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCAc > 1:2866353/1‑69 (MQ=255)
agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCAc > 1:72034/1‑69 (MQ=255)
agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCAc > 1:1071281/1‑69 (MQ=255)
agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTAATCAc > 1:1363539/1‑69 (MQ=255)
gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt > 1:3110678/1‑69 (MQ=255)
gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt > 1:377783/1‑69 (MQ=255)
gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt > 1:3037424/1‑69 (MQ=255)
gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt > 1:2841268/1‑69 (MQ=255)
gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt > 1:2663647/1‑69 (MQ=255)
gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt > 1:2629288/1‑69 (MQ=255)
gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt > 1:931509/1‑69 (MQ=255)
gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt > 1:1022489/1‑69 (MQ=255)
cATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa < 1:618366/69‑1 (MQ=255)
cATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa < 1:47319/69‑1 (MQ=255)
cATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa < 1:1243815/69‑1 (MQ=255)
aTCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa < 1:73332/68‑1 (MQ=255)
aTCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa < 1:1955866/68‑1 (MQ=255)
aTCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa < 1:3107148/68‑1 (MQ=255)
cGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcg > 1:717682/1‑69 (MQ=255)
cGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcg > 1:2008031/1‑69 (MQ=255)
cAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCTGTTGGCTTTACTCACTACGGTAATcgac < 1:2810958/69‑1 (MQ=255)
cAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcgac < 1:2545929/69‑1 (MQ=255)
cAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcgac < 1:3059081/69‑1 (MQ=255)
cAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcgac < 1:3421961/69‑1 (MQ=255)
cAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcgac < 1:3386898/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:1460797/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:3158081/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:159000/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:547361/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:3261705/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:1688013/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:1595399/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:495137/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:2662123/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:3279427/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:2196800/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:637966/69‑1 (MQ=255)
tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:2334488/69‑1 (MQ=255)
atgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGagag > 1:2473279/1‑69 (MQ=255)
atgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGagag > 1:3377005/1‑69 (MQ=255)
gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:3382302/65‑1 (MQ=255)
gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:2346309/65‑1 (MQ=255)
gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:1377875/65‑1 (MQ=255)
gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:457394/65‑1 (MQ=255)
gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:1231191/65‑1 (MQ=255)
gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:790002/65‑1 (MQ=255)
gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:1091691/65‑1 (MQ=255)
gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:1620650/65‑1 (MQ=255)
tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc < 1:3196056/69‑1 (MQ=255)
tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc < 1:2577844/69‑1 (MQ=255)
tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc < 1:2146503/69‑1 (MQ=255)
tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc < 1:1923219/69‑1 (MQ=255)
tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc < 1:1351804/69‑1 (MQ=255)
tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc < 1:1670928/69‑1 (MQ=255)
tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc < 1:3191727/69‑1 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg > 1:2373746/1‑51 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg < 1:118881/51‑1 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg < 1:360450/51‑1 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg < 1:119535/51‑1 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg < 1:2337054/51‑1 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg < 1:584108/51‑1 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGcc < 1:1138211/68‑1 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGcc < 1:224481/68‑1 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGcc < 1:1226363/68‑1 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGcc < 1:2824431/68‑1 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGcc < 1:1755302/68‑1 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCa > 1:2449520/1‑69 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCa > 1:1187485/1‑69 (MQ=255)
cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCa > 1:1001596/1‑69 (MQ=255)
tCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTGATCGACGAGAGCGCCATTGc < 1:3378123/68‑1 (MQ=255)
tCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTGATCGACGAGAGCGCCATTGc < 1:530415/68‑1 (MQ=255)
tCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTGATCGACGAGAGCGCCATTGc < 1:387687/68‑1 (MQ=255)
tCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTGATCGACGAGAGCGCCATTGc < 1:3413589/68‑1 (MQ=255)
ccTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATc > 1:1800356/1‑50 (MQ=255)
ccTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCg > 1:2490086/1‑69 (MQ=255)
ttCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag < 1:1615340/54‑1 (MQ=255)
|
TGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCG > minE/337307‑337417
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
