Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
345,441 |
T→A |
59.1% |
I130I (ATT→ATA) |
ybbM → |
predicted inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 345,441 | 0 | T | A | 59.1%
| 19.6
/ 41.1
| 44 | I130I (ATT→ATA) | ybbM | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/7); new base A (13/13); total (24/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCTCTCAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACGGGTCATTAGCG > minE/345384‑345505
|
tctctcAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc < 1:3113850/69‑1 (MQ=255)
tctctcAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc < 1:364278/69‑1 (MQ=255)
tctctcAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc < 1:2331113/69‑1 (MQ=255)
tATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc > 1:212299/1‑48 (MQ=255)
tATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc > 1:1551958/1‑48 (MQ=255)
tATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc > 1:728299/1‑48 (MQ=255)
tATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc > 1:82205/1‑48 (MQ=255)
aTCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:2392542/48‑1 (MQ=255)
aTCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:1444379/48‑1 (MQ=255)
aTCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:1795758/48‑1 (MQ=255)
aTCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:646931/48‑1 (MQ=255)
aTCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:3255308/48‑1 (MQ=255)
tCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:301453/47‑1 (MQ=255)
cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:2436682/68‑1 (MQ=255)
cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:3189433/68‑1 (MQ=255)
cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:2385596/68‑1 (MQ=255)
cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:1074173/68‑1 (MQ=255)
cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:2142149/68‑1 (MQ=255)
cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:537100/68‑1 (MQ=255)
cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:2097282/68‑1 (MQ=255)
cccTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGc < 1:1209636/68‑1 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACgg > 1:2285197/1‑69 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACgg > 1:1667885/1‑69 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACgg > 1:1409435/1‑69 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACgg > 1:756144/1‑69 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACgg > 1:3203051/1‑69 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACg > 1:1357571/1‑68 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGt > 1:650648/1‑38 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:985259/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:3156913/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:3152983/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:2713253/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:2323106/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:2211786/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:2118730/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:203928/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:1861757/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:1489031/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:1223077/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAg > 1:2558454/1‑61 (MQ=255)
gCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACTACAATTTAGGGCAACGGGTc > 1:1111819/1‑69 (MQ=255)
gCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACGGGt < 1:522589/68‑1 (MQ=255)
tgatTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACGGGTCATTAGCg < 1:3280646/69‑1 (MQ=255)
atTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACGGGTCATTAgag < 1:1367438/67‑3 (MQ=255)
|
TCTCTCAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACGGGTCATTAGCG > minE/345384‑345505
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
