Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
348,854 |
T→C |
58.2% |
G384G (GGT→GGC) |
gcl → |
glyoxylate carboligase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 348,854 | 0 | T | C | 58.2%
| 38.5
/ 70.4
| 98 | G384G (GGT→GGC) | gcl | glyoxylate carboligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/32); new base C (11/46); total (20/78) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
ACTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAATGCTG > minE/348793‑348914
|
aCTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtg < 1:1209302/69‑1 (MQ=255)
aCTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtg < 1:895976/69‑1 (MQ=255)
aCTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtg < 1:2226946/69‑1 (MQ=255)
aCTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtg < 1:3255489/69‑1 (MQ=255)
aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt < 1:477934/68‑1 (MQ=255)
aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt < 1:1819002/68‑1 (MQ=255)
aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt < 1:1764260/68‑1 (MQ=255)
aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt < 1:649949/68‑1 (MQ=255)
aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt < 1:1662022/68‑1 (MQ=255)
aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt < 1:1512386/68‑1 (MQ=255)
aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt < 1:2290765/68‑1 (MQ=255)
aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt < 1:2449047/68‑1 (MQ=255)
aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt < 1:2657373/68‑1 (MQ=255)
aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt < 1:3147928/68‑1 (MQ=255)
aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt < 1:1300493/68‑1 (MQ=255)
cGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGt < 1:2066327/69‑1 (MQ=255)
tGCCGGTTAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:442674/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:477491/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:1992112/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:2920910/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:2048678/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:2828508/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:2823444/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:2759424/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:2265840/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:2752454/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:2734370/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:270711/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:2643059/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:1409372/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:1486478/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:138035/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:1644045/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:1407460/56‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:701507/56‑1 (MQ=255)
ccGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcacc < 1:3423143/69‑1 (MQ=255)
ggTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcaccac < 1:2760071/69‑1 (MQ=255)
ggTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcaccac < 1:1779797/69‑1 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:2203772/50‑1 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt > 1:265140/1‑61 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt > 1:1419564/1‑61 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt > 1:2606408/1‑61 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt > 1:1417470/1‑61 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt > 1:2596190/1‑61 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt > 1:1875036/1‑61 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt > 1:150441/1‑61 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt > 1:66479/1‑61 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt > 1:1767622/1‑61 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt > 1:91622/1‑61 (MQ=255)
tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt > 1:1925762/1‑61 (MQ=255)
gAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcaccac > 1:1853082/1‑66 (MQ=255)
gAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcaccac < 1:3029265/66‑1 (MQ=255)
gAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcacca > 1:2545877/1‑65 (MQ=255)
aaCCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:225067/47‑1 (MQ=255)
aCCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTg < 1:816953/68‑1 (MQ=255)
aCCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTg < 1:2544206/68‑1 (MQ=255)
aCCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTg < 1:474413/68‑1 (MQ=255)
gCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt < 1:2082265/43‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCTAtgtttgt < 1:3255491/41‑1 (MQ=38)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:732321/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:3303923/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:756450/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:545810/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:899519/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:965932/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:534504/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:1017075/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:138963/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:1828113/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:1747480/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:1960839/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:1673392/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:2022419/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:1554525/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:1465519/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:1336566/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:2562390/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:1244266/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:2677147/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:105614/41‑1 (MQ=255)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTCGCCGCGAtgtttgt < 1:553220/41‑1 (MQ=37)
tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCCTTGGCCGCGAtgtttgt < 1:3310772/41‑1 (MQ=38)
aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa > 1:3040467/1‑69 (MQ=255)
aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa > 1:1286276/1‑69 (MQ=255)
aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa > 1:1151934/1‑69 (MQ=255)
aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa > 1:3390148/1‑69 (MQ=255)
aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa > 1:239780/1‑69 (MQ=255)
aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa > 1:2833323/1‑69 (MQ=255)
aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCACTGCGGCACaa > 1:47840/1‑69 (MQ=255)
aaaGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcaccac < 1:1926482/35‑1 (MQ=255)
gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg < 1:684185/69‑1 (MQ=255)
gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg < 1:2075621/69‑1 (MQ=255)
gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg < 1:394165/69‑1 (MQ=255)
gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg < 1:2245181/69‑1 (MQ=255)
gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg < 1:829976/69‑1 (MQ=255)
gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg < 1:2596529/69‑1 (MQ=255)
gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg < 1:3207874/69‑1 (MQ=255)
cTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg < 1:1976106/67‑1 (MQ=255)
|
ACTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAATGCTG > minE/348793‑348914
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
