Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
386,498 |
T→C |
45.3% |
L570L (TTG→CTG) |
cstA → |
carbon starvation protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 386,498 | 0 | T | C | 45.3%
| 3.2
/ 42.2
| 53 | L570L (TTG→CTG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/17); new base C (14/10); total (26/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 |
CGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGA > minE/386436‑386561
|
cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTTTTGTTc < 1:441941/68‑1 (MQ=255)
cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTc < 1:1293557/68‑1 (MQ=255)
cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTc < 1:3002466/68‑1 (MQ=255)
cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:404173/69‑2 (MQ=255)
cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2211017/69‑2 (MQ=255)
cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:981722/69‑2 (MQ=255)
cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:3027811/69‑2 (MQ=255)
cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2903926/69‑2 (MQ=255)
cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2891343/69‑2 (MQ=255)
cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2414554/69‑2 (MQ=255)
cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2516177/69‑2 (MQ=255)
tGGTATTGCCAACCAGATGCTTGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:2485098/68‑1 (MQ=255)
tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTTGTGTTGTTCAAGATGa < 1:945158/68‑1 (MQ=255)
tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:310033/68‑1 (MQ=255)
tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:1801078/68‑1 (MQ=255)
tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:2565832/68‑1 (MQ=255)
tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:1426530/68‑1 (MQ=255)
tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:1063569/68‑1 (MQ=255)
gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:339551/1‑69 (MQ=255)
gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:2688469/1‑69 (MQ=255)
gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:273221/1‑69 (MQ=255)
gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:2884531/1‑69 (MQ=255)
gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:3065989/1‑69 (MQ=255)
gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:3178119/1‑69 (MQ=255)
gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:1145412/1‑69 (MQ=255)
gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:1860228/1‑69 (MQ=255)
gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:1293620/1‑69 (MQ=255)
gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:1646848/1‑69 (MQ=255)
gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:1566145/1‑69 (MQ=255)
tGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTTTTCaaa < 1:4719/47‑2 (MQ=38)
gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:2090314/69‑1 (MQ=255)
gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:1425734/69‑1 (MQ=255)
gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:683316/69‑1 (MQ=255)
gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:274961/69‑1 (MQ=255)
gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:594336/69‑1 (MQ=255)
gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:1691195/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2788642/36‑2 (MQ=37)
gCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:1720593/68‑1 (MQ=255)
ctctGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGcc > 1:2241008/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:517854/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:900761/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:963925/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:427991/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:101766/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:99543/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:2548992/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:2048675/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1847404/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1692831/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1518304/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1449514/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1245924/1‑69 (MQ=255)
tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1058429/1‑69 (MQ=255)
ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:3129048/52‑1 (MQ=255)
ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:2149651/52‑1 (MQ=255)
ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:2138707/52‑1 (MQ=255)
ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:1357397/52‑1 (MQ=255)
ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:1316903/52‑1 (MQ=255)
ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:953973/52‑1 (MQ=255)
ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:1309047/52‑1 (MQ=255)
|
CGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGA > minE/386436‑386561
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
