Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
484,794 |
G→A |
62.2% |
Q200Q (CAG→CAA) |
tolB → |
periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 484,794 | 0 | G | A | 62.2%
| 71.6
/ 87.9
| 132 | Q200Q (CAG→CAA) | tolB | periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/19); new base A (23/59); total (54/78) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.22e-01 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCG > minE/484728‑484858
|
cccGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTTCAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGcc > 1:3281338/1‑69 (MQ=255)
cccGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGcc > 1:2264935/1‑69 (MQ=255)
cccGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGcc > 1:2537627/1‑69 (MQ=255)
cccGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGcc > 1:9817/1‑69 (MQ=255)
cccGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGcc > 1:662890/1‑69 (MQ=255)
cccGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGcc > 1:1396259/1‑69 (MQ=255)
cccGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGcc > 1:132542/1‑69 (MQ=255)
tGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGAt < 1:3407833/69‑1 (MQ=255)
cgcgTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCg > 1:2937740/1‑69 (MQ=255)
cgcgTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCg > 1:2206384/1‑69 (MQ=255)
cgcgTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCg > 1:544851/1‑69 (MQ=255)
cgcgTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCg > 1:3237102/1‑69 (MQ=255)
cgcgTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCg > 1:1104906/1‑69 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCTCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:2222594/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGt > 1:177590/1‑67 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:1660071/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:1969745/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:1973125/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:1843361/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:3223962/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:208488/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:175028/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:1213996/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:1663905/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:1609877/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:1577843/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:1505775/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:3334460/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:2215013/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:2321283/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:1046645/1‑68 (MQ=255)
tCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTCTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTg > 1:923067/1‑68 (MQ=255)
tGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGt < 1:1343276/68‑1 (MQ=255)
tGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGt < 1:1897489/68‑1 (MQ=255)
tGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGt < 1:3182831/68‑1 (MQ=255)
tGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGt < 1:781989/68‑1 (MQ=255)
tGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGt < 1:1308769/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTAGAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:3134686/69‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa > 1:696678/1‑69 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa > 1:1444114/1‑69 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:2785771/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:2565192/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:3024819/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:2962593/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:3053344/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:2778665/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:625285/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:2282228/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:1016619/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:1080493/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:112488/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:976070/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:879842/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:1449984/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:1709651/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:1787541/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:533367/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:455658/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:2250372/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:429726/68‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:669196/69‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:1028249/69‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:585446/69‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:578667/69‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:3297653/69‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:1792289/69‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:2738204/69‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:1880147/69‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:2540212/69‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:2297439/69‑1 (MQ=255)
tATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGATGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:2759240/69‑1 (MQ=255)
aTGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:3098959/68‑1 (MQ=255)
aCAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCTCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTa < 1:1474853/69‑1 (MQ=255)
aCAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTa < 1:597901/69‑1 (MQ=255)
aCAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTa < 1:47451/69‑1 (MQ=255)
aaCCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTaa < 1:2795466/68‑1 (MQ=255)
aaCCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTaa < 1:1932814/68‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTTGt < 1:2085753/46‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:2312880/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:1178038/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:1265060/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:971107/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:1332080/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:700482/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:6655/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:2591163/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:2101880/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:2173534/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:2554471/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:2175851/69‑1 (MQ=255)
tttGTCGTTCACCGTTCACCGCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCt < 1:25062/69‑1 (MQ=255)
gttcaccgttcaccGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTAtgtg < 1:1530183/69‑1 (MQ=255)
caccgttcaccgCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGAcc > 1:2815045/1‑69 (MQ=255)
caccgttcaccgCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCAcc < 1:3041242/41‑1 (MQ=255)
caccgttcaccgCAACCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCa < 1:2073783/42‑1 (MQ=255)
caccgCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGaaa > 1:2595018/1‑69 (MQ=255)
caccgCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGaaa > 1:2682123/1‑69 (MQ=255)
caccgCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGaaa > 1:1283585/1‑69 (MQ=255)
caccgCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGaaa > 1:429425/1‑69 (MQ=255)
caccgCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGaaa > 1:335834/1‑69 (MQ=255)
|
CCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCG > minE/484728‑484858
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
