Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A2 F1 I0 R1	4577	57.4	3436498	77.7%	2670158	63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	539,201	T→C	68.4%	intergenic (+510/+124)	rhlE → / ← dps	RNA helicase/Fe‑binding and storage protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	539,201	0	T	C	68.4%	55.4 / 28.2	63	intergenic (+510/+124)	rhlE/dps	RNA helicase/Fe‑binding and storage protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/17); new base C (14/29); total (17/46)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

AAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACG  >  minE/539143‑539264

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATTATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:2571762/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:3316037/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:2058000/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:2165179/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:2242123/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:2539180/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:2648920/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:2715718/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:3103901/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:3200318/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:1141820/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:3360525/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:412316/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:461968/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:515426/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:574281/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:655908/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:941633/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:963199/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:999258/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:1534162/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:1191076/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:1432859/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:1789248/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:1617283/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:1212059/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:1292021/69‑1 (MQ=255)

aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTAATTAACCAGCTGggga                                                       <  1:3265419/69‑1 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTATCGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       >  1:2645956/1‑68 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga                                                       <  1:1308608/68‑1 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:1301809/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:703347/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:429668/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:875238/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:959273/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:377052/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:145464/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:1025412/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:1509983/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:1967458/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:1558800/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:2486490/1‑69 (MQ=255)

 aaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGGGGAt                                                      >  1:1735033/1‑69 (MQ=255)

     aCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa                                                  <  1:1520857/69‑1 (MQ=255)

     aCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa                                                  <  1:1506997/69‑1 (MQ=255)

     aCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa                                                  <  1:1879914/69‑1 (MQ=255)

     aCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa                                                  <  1:839559/69‑1 (MQ=255)

     aCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa                                                  <  1:2673762/69‑1 (MQ=255)

     aCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa                                                  <  1:423037/69‑1 (MQ=255)

     aCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa                                                  <  1:251238/69‑1 (MQ=255)

               tGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgga                                            <  1:1889991/65‑1 (MQ=255)

               tGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgga                                            <  1:499259/65‑1 (MQ=255)

               tGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgga                                            <  1:2635233/65‑1 (MQ=255)

               tGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgga                                            <  1:2880155/65‑1 (MQ=255)

               tGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgga                                            <  1:2929892/65‑1 (MQ=255)

                                      gATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTggg                 >  1:694064/1‑69 (MQ=255)

                                      gATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTggg                 >  1:697954/1‑69 (MQ=255)

                                      gATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTggg                 >  1:115643/1‑69 (MQ=255)

                                                 tttACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaa      <  1:3225909/69‑1 (MQ=255)

                                                  ttACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaa      <  1:2499047/68‑1 (MQ=255)

                                                      ttAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACg  <  1:73182/68‑1 (MQ=255)

                                                      ttAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACg  <  1:188783/68‑1 (MQ=255)

                                                       tAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACg  <  1:3234652/67‑1 (MQ=255)

AAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACG  >  minE/539143‑539264

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A