Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
596,595 |
C→T |
42.3% |
L157L (CTG→TTG) |
serS → |
seryl‑tRNA synthetase, also charges selenocysteinyl‑tRNA with serine |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 596,595 | 0 | C | T | 42.3%
| 34.3
/ 65.9
| 92 | L157L (CTG→TTG) | serS | seryl‑tRNA synthetase, also charges selenocysteinyl‑tRNA with serine |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/35); new base T (21/18); total (39/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.71e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAG > minE/596535‑596660
|
cGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGt > 1:3181610/1‑69 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATgg < 1:1082210/68‑2 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:634147/68‑1 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:1829206/68‑1 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:2043279/68‑1 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:514088/68‑1 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:420750/68‑1 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:360685/68‑1 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:3434185/68‑1 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:3429464/68‑1 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:3406379/68‑1 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:2975706/68‑1 (MQ=255)
tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:99753/68‑1 (MQ=255)
gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:2688759/69‑1 (MQ=255)
gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:1558349/69‑1 (MQ=255)
gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:3343630/69‑1 (MQ=255)
gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:1316797/69‑1 (MQ=255)
gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:1148203/69‑1 (MQ=255)
gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:1118801/69‑1 (MQ=255)
ctGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATg > 1:3101024/1‑56 (MQ=255)
ctGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa > 1:2635982/1‑57 (MQ=255)
ctGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa > 1:1888860/1‑57 (MQ=255)
ctGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa > 1:3186804/1‑57 (MQ=255)
ctGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa > 1:648754/1‑57 (MQ=255)
cTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCATATTGCTCg < 1:378897/68‑1 (MQ=255)
cTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCg < 1:1815240/68‑1 (MQ=255)
cTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCg < 1:3117432/68‑1 (MQ=255)
cTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCg < 1:2627394/68‑1 (MQ=255)
cTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCg < 1:2576914/68‑1 (MQ=255)
cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:1567412/1‑69 (MQ=255)
cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:353359/1‑69 (MQ=255)
cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:689033/1‑69 (MQ=255)
cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:2712061/1‑69 (MQ=255)
cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:6735/1‑69 (MQ=255)
cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:1293448/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAggg > 1:2951201/1‑42 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACt > 1:1708462/1‑68 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACt > 1:80174/1‑68 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:2761326/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:972268/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:27428/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:3205173/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:129029/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:1234038/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:1375134/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:878901/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:1771193/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:2645381/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:1599085/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:2395531/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:2324830/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:532806/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:2112054/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:604682/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:631124/1‑69 (MQ=255)
gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:1916145/1‑69 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:437417/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:3393074/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:544339/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:320121/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:638803/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1094253/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:2562323/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1990248/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:220337/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:2273889/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:2301549/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1826881/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1752586/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1578398/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1445493/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCGTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:2680664/62‑1 (MQ=255)
gTTAAGTTGACT‑GTTTCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:2170166/61‑1 (MQ=255)
ttAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:463704/61‑1 (MQ=255)
ttAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATT‑CTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:590792/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:1688652/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:164448/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:111282/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:1628411/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:1968361/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:1363690/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:2012008/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:2477179/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:2660695/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:3328419/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:2967444/69‑1 (MQ=255)
aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa > 1:2633802/1‑68 (MQ=255)
aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa > 1:2833853/1‑68 (MQ=255)
aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAg > 1:263131/1‑69 (MQ=255)
aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAg > 1:278710/1‑69 (MQ=255)
aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAg > 1:837122/1‑69 (MQ=255)
aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAg > 1:3047367/1‑69 (MQ=255)
|
CGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAG > minE/596535‑596660
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
