Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
614,735 |
G→T |
50.0% |
L128L (CTG→CTT) |
serC → |
3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 614,735 | 0 | G | T | 50.0%
| 24.7
/ 179.6
| 158 | L128L (CTG→CTT) | serC | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/19); new base T (20/59); total (80/78) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
ATTAAAGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCG > minE/614670‑614801
|
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGTACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:1952945/65‑1 (MQ=255)
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:103507/65‑1 (MQ=255)
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:2606901/65‑1 (MQ=255)
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:2416825/65‑1 (MQ=255)
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:2315073/65‑1 (MQ=255)
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:2277790/65‑1 (MQ=255)
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:3388939/65‑1 (MQ=255)
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:342528/65‑1 (MQ=255)
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:522555/65‑1 (MQ=255)
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:542912/65‑1 (MQ=255)
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:890237/65‑1 (MQ=255)
atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:803886/65‑1 (MQ=255)
tcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:2738453/65‑1 (MQ=255)
aaaGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGcgcgcg > 1:2711647/1‑69 (MQ=255)
aaaGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGcgcgcg > 1:3243317/1‑69 (MQ=255)
aaaGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGcgcgcg > 1:556413/1‑69 (MQ=255)
aagaagCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGcgcgcg > 1:712190/1‑68 (MQ=255)
aagaagCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGcgcgcg > 1:1120779/1‑68 (MQ=255)
aCTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg < 1:2576904/69‑1 (MQ=255)
aTGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActct > 1:153209/1‑69 (MQ=255)
aTGTCTTTGAAGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGaa > 1:3029024/1‑59 (MQ=255)
tGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActct > 1:1186358/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:1210119/1‑54 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:3029261/1‑54 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:2986355/1‑54 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:2627871/1‑54 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:544617/1‑54 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:757517/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:2909275/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:921564/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:727928/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:1075391/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:3131843/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:3253199/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:1786584/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:1432910/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:529544/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:196520/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:482251/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:842025/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:136702/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:3377772/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:72510/1‑68 (MQ=255)
tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTG‑GCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTg > 1:1875822/1‑68 (MQ=255)
tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:347897/69‑1 (MQ=255)
tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:3121021/69‑1 (MQ=255)
tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:2819795/69‑1 (MQ=255)
tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:937678/69‑1 (MQ=255)
tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:2799155/69‑1 (MQ=255)
tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:654922/69‑1 (MQ=255)
tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:2183226/69‑1 (MQ=255)
tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:1781588/69‑1 (MQ=255)
gACTGGTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtat > 1:3210558/1‑67 (MQ=255)
gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:635027/68‑1 (MQ=255)
gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:1909021/69‑1 (MQ=255)
gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:877072/69‑1 (MQ=255)
gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:2470835/69‑1 (MQ=255)
gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:3360740/69‑1 (MQ=255)
gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:3068988/69‑1 (MQ=255)
gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:3079289/69‑1 (MQ=255)
gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:3084738/69‑1 (MQ=255)
gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:639110/69‑1 (MQ=255)
tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:1046183/1‑41 (MQ=255)
tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:1921325/1‑41 (MQ=255)
tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:2041426/1‑41 (MQ=255)
tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:2167072/1‑41 (MQ=255)
tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:621923/1‑41 (MQ=255)
tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:1349899/1‑41 (MQ=255)
tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:77382/1‑41 (MQ=255)
tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:285886/1‑41 (MQ=255)
tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:1134808/1‑41 (MQ=255)
ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1449468/1‑69 (MQ=255)
ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1288326/1‑69 (MQ=255)
ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1828297/1‑69 (MQ=255)
ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1970916/1‑69 (MQ=255)
ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:270460/1‑69 (MQ=255)
ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:424486/1‑69 (MQ=255)
ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:2223371/1‑69 (MQ=255)
ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:2652157/1‑69 (MQ=255)
ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGATTATATGAatt > 1:3159315/1‑69 (MQ=255)
ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGATGCTTATATGCatt > 1:2095690/1‑69 (MQ=255)
ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGCCAACTCTCTGATAAtgc > 1:2515375/1‑55 (MQ=255)
ttGATGATCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:2394/1‑69 (MQ=255)
tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa < 1:423397/51‑1 (MQ=255)
tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa < 1:2768229/51‑1 (MQ=255)
gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:504958/58‑1 (MQ=255)
gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1055090/58‑1 (MQ=255)
gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:883954/58‑1 (MQ=255)
gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1157687/58‑1 (MQ=255)
gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1259279/58‑1 (MQ=255)
gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:788269/58‑1 (MQ=255)
gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:2359473/58‑1 (MQ=255)
gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1510924/58‑1 (MQ=255)
gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:2233464/58‑1 (MQ=255)
gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:569435/58‑1 (MQ=255)
gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1662351/58‑1 (MQ=255)
cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:2443038/69‑1 (MQ=255)
cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:2342023/69‑1 (MQ=255)
cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:2273394/69‑1 (MQ=255)
tGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:1340412/68‑1 (MQ=255)
|
ATTAAAGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCG > minE/614670‑614801
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
