Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 614,754 C→A 47.3% R135S (CGT→AGT)  serC → 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE614,7540CA47.3% 43.6 / 186.5 169R135S (CGT→AGT) serC3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (68/21);  new base A (20/60);  total (88/81)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-11
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.75e-01

Only 100 of 169 total aligned reads displayed.

ACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGAAACC  >  minE/614689‑614810
                                                                 |                                                        
aCTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg                                                       <  1:2576904/69‑1 (MQ=255)
aCTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg                                                       <  1:73318/69‑1 (MQ=255)
            aTGTCTTTGAAGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGaa                                                     >  1:3029024/1‑59 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg                                                       >  1:3029261/1‑54 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg                                                       >  1:3426773/1‑54 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg                                                       >  1:544617/1‑54 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg                                                       >  1:579829/1‑54 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg                                                       >  1:2986355/1‑54 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg                                                       >  1:1210119/1‑54 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg                                                       >  1:833183/1‑54 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:2818832/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:1075391/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:3377772/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:3131843/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:482251/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:1786584/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:2133783/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:529544/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:1184896/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:1446175/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:1070761/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:136702/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:2328773/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:727928/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:921564/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct                                         >  1:2909275/1‑68 (MQ=255)
               tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTG‑GCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTg                                        >  1:1875822/1‑68 (MQ=255)
                              tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata                         <  1:2229021/69‑1 (MQ=255)
                              tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata                         <  1:2558120/69‑1 (MQ=255)
                              tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata                         <  1:937678/69‑1 (MQ=255)
                              tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata                         <  1:3121021/69‑1 (MQ=255)
                              tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata                         <  1:347897/69‑1 (MQ=255)
                              tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata                         <  1:461832/69‑1 (MQ=255)
                              tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata                         <  1:1132404/69‑1 (MQ=255)
                              tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata                         <  1:716903/69‑1 (MQ=255)
                              tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata                         <  1:654922/69‑1 (MQ=255)
                              tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGG‑AACTCTCTGATAATGCTGCTTatat                        <  1:1745184/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata                         <  1:635027/68‑1 (MQ=255)
                               gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat                        <  1:3295648/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat                        <  1:2470835/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat                        <  1:2792464/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat                        <  1:843740/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat                        <  1:1404641/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat                        <  1:3068988/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat                        <  1:3079289/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat                        <  1:1826648/69‑1 (MQ=255)
                                accgTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat                        <  1:2421793/65‑1 (MQ=255)
                                  tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc                                                 >  1:77382/1‑41 (MQ=255)
                                  tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc                                                 >  1:621923/1‑41 (MQ=255)
                                  tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc                                                 >  1:2621193/1‑41 (MQ=255)
                                  tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc                                                 >  1:1046183/1‑41 (MQ=255)
                                  tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc                                                 >  1:114361/1‑41 (MQ=255)
                                  tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc                                                 >  1:1349899/1‑41 (MQ=255)
                                  tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc                                                 >  1:1921325/1‑41 (MQ=255)
                                  tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc                                                 >  1:2041426/1‑41 (MQ=255)
                                  tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc                                                 >  1:2167072/1‑41 (MQ=255)
                                  tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc                                                 >  1:2209784/1‑41 (MQ=255)
                                    ttGATGGTCTTCGCGCTGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt                   >  1:1889091/1‑69 (MQ=255)
                                    ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATgg                                                  >  1:537198/1‑38 (MQ=37)
                                    ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt                   >  1:2652157/1‑69 (MQ=255)
                                    ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt                   >  1:1288326/1‑69 (MQ=255)
                                    ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt                   >  1:1828297/1‑69 (MQ=255)
                                    ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt                   >  1:1970916/1‑69 (MQ=255)
                                    ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt                   >  1:2709024/1‑69 (MQ=255)
                                    ttGATGATCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt                   >  1:2394/1‑69 (MQ=255)
                                     tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa                                    <  1:423397/51‑1 (MQ=255)
                                     tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa                                    <  1:2768229/51‑1 (MQ=255)
                                     tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa                                    <  1:1227169/51‑1 (MQ=255)
                                     tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa                                    <  1:2872521/51‑1 (MQ=255)
                                     tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa                                    <  1:203005/51‑1 (MQ=255)
                                     tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa                                    <  1:104678/51‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:504958/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:650113/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:308188/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:1510924/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:1525529/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:569435/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:1259279/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:2233464/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:1662351/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:3248767/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:883954/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:2359473/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:319447/58‑1 (MQ=255)
                                      gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:788269/58‑1 (MQ=255)
                                       aTGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt                            <  1:1938426/57‑1 (MQ=255)
                                            cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg           <  1:87773/69‑1 (MQ=255)
                                            cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg           <  1:2443038/69‑1 (MQ=255)
                                            cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg           <  1:2700968/69‑1 (MQ=255)
                                            cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg           <  1:2342023/69‑1 (MQ=255)
                                            cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg           <  1:2273394/69‑1 (MQ=255)
                                             tGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg           <  1:1340412/68‑1 (MQ=255)
                                               cgcgcgGTTAAGCCAATGCGTTAATGGCAACTCTCTGATaa                                    <  1:1261149/41‑1 (MQ=255)
                                               cgcgcgGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGaa         >  1:1580422/1‑68 (MQ=255)
                                               cgcgcgGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGaa         >  1:1138217/1‑68 (MQ=255)
                                                     gTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGAAAcc  <  1:1051715/69‑1 (MQ=255)
                                                        aaGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGaa     >  1:2841529/1‑63 (MQ=255)
                                                        aaGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGaa     >  1:325084/1‑63 (MQ=255)
                                                        aaGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGaa     >  1:3136559/1‑63 (MQ=255)
                                                        aaGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGaa     >  1:2083607/1‑63 (MQ=255)
                                                                 |                                                        
ACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGAAACC  >  minE/614689‑614810

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A