Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
673,313 |
C→T |
30.5% |
A562A (GCG→GCA) |
ycbZ ← |
predicted peptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 673,313 | 0 | C | T | 30.5%
| 148.6
/ 72.1
| 150 | A562A (GCG→GCA) | ycbZ | predicted peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/39); new base T (28/18); total (93/57) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
TAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCAC > minE/673249‑673367
|
tAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGa < 1:681002/69‑1 (MQ=255)
tAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGa < 1:336057/69‑1 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:2155644/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:699959/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:1655587/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:162572/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:1566717/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:1468177/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:2945785/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:1302544/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:932610/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:304640/1‑69 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa > 1:1195771/1‑69 (MQ=255)
cAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTg > 1:2511889/1‑69 (MQ=255)
gTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTgcgc > 1:2205700/1‑49 (MQ=255)
gTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGtt > 1:808166/1‑68 (MQ=255)
gTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGtt > 1:2305209/1‑68 (MQ=255)
gTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGtt > 1:2749657/1‑68 (MQ=255)
gTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGtt > 1:2652304/1‑68 (MQ=255)
aTGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGc > 1:3064280/1‑68 (MQ=255)
aTGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGc > 1:3068209/1‑68 (MQ=255)
aTGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGc > 1:3232430/1‑68 (MQ=255)
ggCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATc < 1:1024568/69‑1 (MQ=255)
gCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACTTTCCTg < 1:383112/55‑1 (MQ=255)
gCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTg < 1:241140/55‑1 (MQ=255)
gCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTg < 1:3395466/55‑1 (MQ=255)
gCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTg < 1:536667/55‑1 (MQ=255)
gCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCa > 1:2379547/1‑69 (MQ=255)
gCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCa > 1:3290618/1‑69 (MQ=255)
gCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCa > 1:301175/1‑69 (MQ=255)
gCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCa > 1:2266038/1‑69 (MQ=255)
gCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCa > 1:1887235/1‑69 (MQ=255)
cATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTTTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGc > 1:1366810/1‑69 (MQ=255)
cATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGc > 1:2219293/1‑69 (MQ=255)
cATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGc > 1:1166610/1‑69 (MQ=255)
cATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGc > 1:957130/1‑69 (MQ=255)
cATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGc > 1:2486724/1‑69 (MQ=255)
cATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGc > 1:3011116/1‑69 (MQ=255)
cATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGc > 1:3328975/1‑69 (MQ=255)
ggAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTg < 1:642020/50‑1 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcg > 1:631837/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcg > 1:3174380/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcg > 1:3201319/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcg > 1:1245714/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcg > 1:3283785/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcg > 1:281213/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcg > 1:2719519/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcg > 1:1630018/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcg > 1:1851744/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcg > 1:2491967/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcg > 1:2675894/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtc > 1:782132/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGATTTGCATCAGcgtcg > 1:832857/1‑69 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTT‑CTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt > 1:3404740/1‑69 (MQ=255)
aaaCGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt < 1:2903625/68‑1 (MQ=255)
aaaCGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt < 1:3429949/68‑1 (MQ=255)
aaaCGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt < 1:3433666/68‑1 (MQ=255)
aaaCGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt < 1:1662711/68‑1 (MQ=255)
aaaCGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt < 1:714901/68‑1 (MQ=255)
aaaCGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt < 1:1524948/68‑1 (MQ=255)
aaaCGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt < 1:219194/68‑1 (MQ=255)
aCGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTg < 1:2935415/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATTGttt > 1:2619319/1‑52 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:733893/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:772175/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:433603/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:961759/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:978387/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:1423708/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:2948601/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:2926465/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:2771933/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:260799/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:186356/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:2025383/1‑53 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTg > 1:2043159/1‑53 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:3127411/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:1493030/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:17033/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:1863095/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:1315432/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:1979762/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:2328469/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:2558921/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:2884557/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:3043131/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGTGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:3101640/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTg < 1:2281054/42‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:558213/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:1160885/69‑1 (MQ=255)
gTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:1379006/69‑1 (MQ=255)
tGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 1:3219752/68‑1 (MQ=255)
gACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTg < 1:1356469/64‑1 (MQ=255)
gACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCtt > 1:28283/1‑69 (MQ=255)
gTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGc < 1:1216401/69‑1 (MQ=255)
cctGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt < 1:1246449/52‑1 (MQ=255)
gCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGtt > 1:683451/1‑47 (MQ=255)
gCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCcac > 1:732816/1‑65 (MQ=255)
gCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCcac > 1:872168/1‑65 (MQ=255)
gCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCcac > 1:1005359/1‑65 (MQ=255)
|
TAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCAC > minE/673249‑673367
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
