Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
676,082 |
T→G |
74.5% |
N224T (AAC→ACC) |
ompA ← |
outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 676,082 | 0 | T | G | 74.5%
| 128.4
/ 34.0
| 78 | N224T (AAC→ACC) | ompA | outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/10); new base G (30/28); total (40/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGGCTGTACAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGA > minE/676021‑676138
|
ctggctgTACAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAg < 1:1103847/69‑1 (MQ=255)
ctggctgTACAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAg < 1:254043/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGa > 1:377978/1‑69 (MQ=255)
cAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGa > 1:2557473/1‑69 (MQ=255)
cAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGa > 1:2445006/1‑69 (MQ=255)
cAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAg > 1:656435/1‑59 (MQ=255)
cTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAATTGCtt > 1:1021412/1‑69 (MQ=255)
cTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCtt > 1:1211732/1‑69 (MQ=255)
cTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCtt > 1:3187514/1‑69 (MQ=255)
tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:1390454/69‑1 (MQ=255)
tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:1142404/69‑1 (MQ=255)
tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:1535522/69‑1 (MQ=255)
tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:3386018/69‑1 (MQ=255)
tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:2983264/69‑1 (MQ=255)
tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:2499745/69‑1 (MQ=255)
ttCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg < 1:2114664/69‑1 (MQ=255)
ttCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg < 1:686227/69‑1 (MQ=255)
cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTa > 1:868915/1‑68 (MQ=255)
cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:2077816/1‑69 (MQ=255)
cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:2454947/1‑69 (MQ=255)
cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:1039521/1‑69 (MQ=255)
cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:1799329/1‑69 (MQ=255)
cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:2635399/1‑69 (MQ=255)
cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:3400029/1‑69 (MQ=255)
cGGTTTCAGGGTTGCTATGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:803343/1‑69 (MQ=255)
gCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGa > 1:999741/1‑69 (MQ=255)
gCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGa > 1:704063/1‑69 (MQ=255)
gCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGa > 1:2071287/1‑69 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1776331/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:580109/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:3221929/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1017081/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:68245/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:3293745/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1775853/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2954702/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1454113/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2949193/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2865641/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2806612/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:3370401/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2673954/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:712216/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1896137/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1309190/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1930844/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2479399/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:193165/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:464133/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1933181/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2439428/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:878147/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1514366/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2097421/37‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGGTGAAAAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:209698/37‑1 (MQ=37)
tttGTT‑AAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:3139757/36‑1 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:389709/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:3108406/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:686195/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1373332/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:130899/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:98968/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1264662/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1039085/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:3422791/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1610516/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:3251816/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1696394/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:3065532/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:2953743/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:27940/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:2619394/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1119103/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:2452876/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:2271890/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1990786/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:2056494/1‑50 (MQ=255)
ttgttgAAGGAGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:3185152/1‑50 (MQ=255)
|
CTGGCTGTACAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGA > minE/676021‑676138
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
