Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
992,778 |
A→G |
28.2% |
L194L (TTA→TTG) |
dmsD → |
twin‑argninine leader‑binding protein for DmsA and TorA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 992,778 | 0 | A | G | 28.2%
| 134.8
/ 58.2
| 131 | L194L (TTA→TTG) | dmsD | twin‑argninine leader‑binding protein for DmsA and TorA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/32); new base G (14/23); total (76/55) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.62e-01 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGT > minE/992710‑992836
|
cacCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTa > 1:2081675/1‑69 (MQ=255)
cacCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTa > 1:1666220/1‑69 (MQ=255)
cacCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACAGTTa > 1:262688/1‑69 (MQ=255)
cACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTa > 1:2443601/1‑69 (MQ=255)
cACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTa > 1:2896523/1‑69 (MQ=255)
tGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTc < 1:482455/69‑1 (MQ=255)
tGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTc < 1:246047/69‑1 (MQ=255)
tGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTc < 1:1173273/69‑1 (MQ=255)
tGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTc < 1:1763002/69‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgt < 1:1349010/67‑2 (MQ=255)
ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:2794367/67‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:151269/67‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:2488797/67‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:2703054/67‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:11646/67‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:393527/67‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1942218/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:2079104/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:2022156/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1051360/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:2128990/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:2132952/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:3188187/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:3249686/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:3415568/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:625358/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1930680/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1093066/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1079259/69‑1 (MQ=255)
tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1659126/69‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:882802/68‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc < 1:2559847/68‑1 (MQ=255)
cTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGt < 1:3015127/69‑1 (MQ=255)
ggCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCTCCGTaa < 1:442519/69‑1 (MQ=255)
ggCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTaa < 1:3091196/69‑1 (MQ=255)
gcgcAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTaa < 1:316329/68‑1 (MQ=255)
tGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:2110579/52‑1 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTTCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCgg > 1:884300/1‑69 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCa > 1:1818657/1‑54 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAcc > 1:2303941/1‑56 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:697173/1‑55 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:3046219/1‑55 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:599300/1‑55 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:325399/1‑55 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:1838703/1‑55 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:461307/1‑55 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:1027311/1‑57 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:1420814/1‑57 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:1266585/1‑57 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:261392/1‑57 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGt > 1:2660466/1‑58 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCgg > 1:96290/1‑69 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCg > 1:2004313/1‑68 (MQ=255)
gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATAATGCCgg > 1:2683713/1‑69 (MQ=255)
aaTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGccatg < 1:1252458/68‑4 (MQ=255)
aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGacg > 1:89370/1‑67 (MQ=255)
aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:2680654/1‑69 (MQ=255)
aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:433556/1‑69 (MQ=255)
aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:1404482/1‑69 (MQ=255)
aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:2852219/1‑69 (MQ=255)
aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:2890584/1‑69 (MQ=255)
aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:1053790/1‑69 (MQ=255)
aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:2469527/1‑69 (MQ=255)
aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:3164744/1‑69 (MQ=255)
aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:2270910/1‑69 (MQ=255)
aTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATg < 1:2059791/69‑1 (MQ=255)
aTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATg < 1:220342/69‑1 (MQ=255)
aTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATg < 1:634857/69‑1 (MQ=255)
aTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATg < 1:433968/69‑1 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCg > 1:3111580/1‑40 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGa > 1:1933927/1‑41 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGa > 1:298394/1‑41 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGa > 1:220280/1‑41 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGa > 1:2736568/1‑41 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGa > 1:2708127/1‑41 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAcc > 1:3049321/1‑51 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:2991258/1‑52 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:3310904/1‑52 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:3344933/1‑52 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:849459/1‑52 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCGGGATGGt > 1:2685224/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:969981/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:1884446/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:2025541/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:1599454/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:2381666/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:518433/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:2575508/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:1396764/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:361287/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:3391467/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:3385783/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:1126624/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:3191834/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATAGCCGGATGGt > 1:1538160/1‑69 (MQ=255)
cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTCTTTCGa > 1:1301979/1‑41 (MQ=255)
acaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:1477683/1‑49 (MQ=255)
acaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:269663/1‑51 (MQ=255)
acaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGt > 1:84613/1‑52 (MQ=255)
acaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGt > 1:1608423/1‑52 (MQ=255)
|
CACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGT > minE/992710‑992836
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
