Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A2 F1 I0 R1	4577	57.4	3436498	77.7%	2670158	63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	998,295	G→A	49.2%	G302G (GGG→GGA)	ynfM →	predicted transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	998,295	0	G	A	49.2%	‑1.2 / 54.8	63	G302G (GGG→GGA)	ynfM	predicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/29); new base A (23/8); total (26/37)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-07
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

ATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCT  >  minE/998229‑998362

atCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg                                                                   >  1:625451/1‑69 (MQ=255)

atCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg                                                                   >  1:1545979/1‑69 (MQ=255)

         ttATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGt                                                          <  1:300768/69‑1 (MQ=255)

                     tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:1796021/69‑1 (MQ=255)

                     tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:1002114/69‑1 (MQ=255)

                     tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:899671/69‑1 (MQ=255)

                     tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:69251/69‑1 (MQ=255)

                     tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:1247093/69‑1 (MQ=255)

                     tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:2113895/69‑1 (MQ=255)

                     tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:447907/69‑1 (MQ=255)

                     tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:2267393/69‑1 (MQ=255)

                     tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:2927634/69‑1 (MQ=255)

                      aCATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:749332/68‑1 (MQ=255)

                              cTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:1525499/69‑1 (MQ=255)

                              cTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:2584511/69‑1 (MQ=255)

                              cTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:469427/69‑1 (MQ=255)

                               tCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:2904494/68‑1 (MQ=255)

                                cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:3080814/64‑1 (MQ=255)

                                cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:3183031/64‑1 (MQ=255)

                                cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1653512/64‑1 (MQ=255)

                                cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1703124/64‑1 (MQ=255)

                                cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1323377/64‑1 (MQ=255)

                                cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1200579/64‑1 (MQ=255)

                                cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1897403/64‑1 (MQ=255)

                                cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:2416289/64‑1 (MQ=255)

                                           tgAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTgg                         <  1:1774192/67‑1 (MQ=255)

                                                cATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   <  1:1177668/69‑1 (MQ=255)

                                                cATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   <  1:3339088/69‑1 (MQ=255)

                                                 aTGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtg                  >  1:3013537/1‑69 (MQ=255)

                                                   gACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtgat                <  1:2134826/69‑1 (MQ=255)

                                                   gACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtgat                <  1:320510/69‑1 (MQ=255)

                                                   gACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtgat                <  1:3158277/69‑1 (MQ=255)

                                                          cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:1759600/69‑1 (MQ=255)

                                                          cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:246171/69‑1 (MQ=255)

                                                          cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:2314768/69‑1 (MQ=255)

                                                          cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:517032/69‑1 (MQ=255)

                                                          cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:160661/69‑1 (MQ=255)

                                                          cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:1737369/69‑1 (MQ=255)

                                                          cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:597873/69‑1 (MQ=255)

                                                           gCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:3052024/68‑1 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCtt          >  1:2463967/1‑66 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2717265/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2609114/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2170220/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:343238/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:359966/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2125056/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:106609/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:1168827/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:882969/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:881708/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:136656/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:1525890/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:1725408/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2496458/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2166288/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2203509/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2370925/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2403125/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:49927/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2473143/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTCAGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2730608/1‑67 (MQ=255)

                                                            cTATGGACGCGGTACGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2766085/1‑67 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:908900/1‑52 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:857818/1‑52 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:386345/1‑52 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:116386/1‑52 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:3300730/1‑52 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:1748475/1‑52 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:1326487/1‑52 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:1271284/1‑52 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:451872/60‑1 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:2568382/60‑1 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:2459033/60‑1 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:2217693/60‑1 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:208890/60‑1 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:755634/60‑1 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:1368237/60‑1 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:88353/60‑1 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCt  >  1:1781219/1‑69 (MQ=255)

                                                                 ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCt  >  1:1127859/1‑69 (MQ=255)

                                                                 ggCGT‑GTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:303907/59‑1 (MQ=255)

                                                                  gCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:183883/59‑1 (MQ=255)

ATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCT  >  minE/998229‑998362

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A