Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,000,073 |
C→T |
50.0% |
A141A (GCC→GCT) |
ydgD → |
predicted peptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,000,073 | 0 | C | T | 50.0%
| ‑5.8
/ 48.6
| 54 | A141A (GCC→GCT) | ydgD | predicted peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/14); new base T (9/18); total (22/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
CGCGTTGATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGT > minE/1000005‑1000137
|
cgcgTTGATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGcc > 1:3246287/1‑69 (MQ=255)
gATCCGACGCTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGCTGGATTGTACCTCCCGCAGCTGCGccc > 1:691353/1‑68 (MQ=255)
gATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGCTGGATTGTACCTCCCGCAGCtgcgacc > 1:614524/1‑66 (MQ=255)
gATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGCTGGATTGTACCTCCCGCAGCTGCGccc > 1:2842850/1‑68 (MQ=255)
gATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGCTGGATTGTACCTCCCGCAGCTGCGccc > 1:2092667/1‑68 (MQ=255)
gATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGCTGGATTGTACCTCCCGCAGCTGCGccc > 1:3189886/1‑68 (MQ=255)
gATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGCTGGATTGTACCTCCCGCAGCTGCGccc > 1:3397327/1‑68 (MQ=255)
gATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGCTGGATTGTACCTCCCGCAGCTGCGccc > 1:595800/1‑68 (MQ=255)
gATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGCTGGATTGTACCTCCCGCAGCTGCGccc > 1:1601579/1‑68 (MQ=255)
gATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGCTGGATTGTACCTCCCGCAGCTGCGccc > 1:1560084/1‑68 (MQ=255)
gATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGCTGGATTGTACCTCCCGCAGCTGCGccc > 1:942543/1‑68 (MQ=255)
gggAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCcg > 1:2307082/1‑53 (MQ=255)
gggAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCgg > 1:300362/1‑69 (MQ=255)
gggAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCgg > 1:1304740/1‑69 (MQ=255)
gggAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCgg > 1:325188/1‑69 (MQ=255)
gggAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCgg > 1:2992572/1‑69 (MQ=255)
gggAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCgg > 1:1062936/1‑69 (MQ=255)
gggAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCgg > 1:3169928/1‑69 (MQ=255)
ggggATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATccc < 1:2562787/69‑1 (MQ=255)
ggggATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATccc < 1:3333643/69‑1 (MQ=255)
ggggATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATccc < 1:1649824/69‑1 (MQ=255)
ggggATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATccc < 1:1116309/69‑1 (MQ=255)
gggATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATccc < 1:991033/68‑1 (MQ=255)
gATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGga > 1:1057692/1‑45 (MQ=255)
gATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCt > 1:2039524/1‑69 (MQ=255)
gATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCt > 1:3408042/1‑69 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCTCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:2470480/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:601794/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:1635646/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:3209294/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:2151699/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:2855979/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:2468113/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:2503445/68‑1 (MQ=255)
gCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAAt > 1:865775/1‑42 (MQ=255)
gCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACgccgttgcc > 1:714552/1‑68 (MQ=255)
gCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACgccgttgcc > 1:2388710/1‑68 (MQ=255)
gCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACgccgttgcc > 1:323759/1‑68 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATGCCCCTTCTGGCATTACaccgttggcgt < 1:3043350/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1047188/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1809402/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1493031/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:682440/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1311401/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1307217/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:3380442/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1817487/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:3253849/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1853826/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1900307/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:2413095/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:2949195/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:2893883/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:2704333/69‑1 (MQ=255)
cAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACgccgttgccgt < 1:3380790/69‑1 (MQ=255)
aGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACagcgttgccgt < 1:3062571/68‑1 (MQ=255)
aGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:3406753/68‑1 (MQ=255)
|
CGCGTTGATCCGACACTGGGAAAGCGGTTAAAAGCAGATGGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGT > minE/1000005‑1000137
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
