Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,010,641 |
T→C |
43.5% |
V23V (GTT→GTC) |
rstB → |
sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,010,641 | 0 | T | C | 43.5%
| 24.2
/ 79.8
| 101 | V23V (GTT→GTC) | rstB | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/29); new base C (19/25); total (47/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAG > minE/1010576‑1010706
|
aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTGCCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:3240050/1‑69 (MQ=255)
aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTggg > 1:1022243/1‑69 (MQ=255)
aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTggg > 1:1925975/1‑69 (MQ=255)
aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTggg > 1:1267155/1‑69 (MQ=255)
aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:2205651/1‑69 (MQ=255)
aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:360651/1‑69 (MQ=255)
aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:1621087/1‑69 (MQ=255)
aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:2088318/1‑69 (MQ=255)
aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:2135813/1‑69 (MQ=255)
aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:1366209/1‑69 (MQ=255)
aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:1107184/1‑69 (MQ=255)
aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTAGCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:2763821/1‑69 (MQ=255)
aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:743535/1‑69 (MQ=255)
aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:170384/1‑69 (MQ=255)
aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:3044742/1‑69 (MQ=255)
aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:160929/1‑69 (MQ=255)
aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:1132739/1‑69 (MQ=255)
aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:2669971/1‑69 (MQ=255)
aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:650109/1‑69 (MQ=255)
aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:3291877/1‑69 (MQ=255)
aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:2633117/1‑69 (MQ=255)
aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:2487803/1‑69 (MQ=255)
tATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACa < 1:2183555/68‑1 (MQ=255)
tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:3403735/68‑1 (MQ=255)
tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:2925909/68‑1 (MQ=255)
tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:1923314/68‑1 (MQ=255)
tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:2561540/68‑1 (MQ=255)
tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:1793347/68‑1 (MQ=255)
tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:486296/68‑1 (MQ=255)
tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:1501752/68‑1 (MQ=255)
gTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCTGGCTGGTGTACAAATTTa < 1:1398581/68‑1 (MQ=255)
gTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACAAATTTa < 1:1092996/68‑1 (MQ=255)
gTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACAAATTTa < 1:652264/68‑1 (MQ=255)
gTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACAAATTTa < 1:802220/68‑1 (MQ=255)
gTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACAAATTTa < 1:834463/68‑1 (MQ=255)
gTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACAAATTTa < 1:2148238/68‑1 (MQ=255)
gTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACAAATTTa < 1:2786361/68‑1 (MQ=255)
gTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACAAATTTa < 1:2812859/68‑1 (MQ=255)
ttttACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACAAATTTa < 1:2275420/67‑1 (MQ=255)
ttACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTAccg > 1:1727113/1‑68 (MQ=255)
ccTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTAccgccg < 1:1275617/68‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTTGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:2133876/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:3173303/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:3133/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:2672893/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:395399/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:774477/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:1176646/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:1179248/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:3326203/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:3333333/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:141026/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:571619/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:2048379/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:1666450/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:411014/57‑1 (MQ=255)
cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:1775152/57‑1 (MQ=255)
gTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcg < 1:823948/69‑1 (MQ=255)
gTTATTGTTTGTCTGCTTCCTCGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcg < 1:1040970/69‑1 (MQ=255)
tATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcg > 1:154104/1‑69 (MQ=255)
tATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcg > 1:1671180/1‑69 (MQ=255)
tATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcg > 1:3405859/1‑69 (MQ=255)
aTTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACa < 1:2450004/50‑1 (MQ=255)
aTTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcgc > 1:800121/1‑69 (MQ=255)
aTTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcgc > 1:648246/1‑69 (MQ=255)
aTTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcgc > 1:741761/1‑69 (MQ=255)
aTTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcgc > 1:1236014/1‑69 (MQ=255)
aTTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcgc > 1:1161465/1‑69 (MQ=255)
aTTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcgc > 1:965996/1‑69 (MQ=255)
aTTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcgc > 1:321438/1‑69 (MQ=255)
aTTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcgc > 1:3191168/1‑69 (MQ=255)
aTTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcgc > 1:932774/1‑69 (MQ=255)
aTTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcgc > 1:3193606/1‑69 (MQ=255)
tgtCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCa > 1:1166544/1‑68 (MQ=255)
tgtCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCa > 1:638849/1‑68 (MQ=255)
tgtCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCa < 1:606683/68‑1 (MQ=255)
tgtCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCa > 1:963782/1‑68 (MQ=255)
tgtCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCa < 1:2778263/68‑1 (MQ=255)
tgtCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCa < 1:1818521/68‑1 (MQ=255)
tgtCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCa < 1:3209188/68‑1 (MQ=255)
tgtCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCa > 1:2648899/1‑68 (MQ=255)
gTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACGGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGAttt < 1:3291638/69‑1 (MQ=255)
gTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGAttt < 1:78994/69‑1 (MQ=255)
gTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGAttt < 1:506537/69‑1 (MQ=255)
gTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGAttt < 1:1265479/69‑1 (MQ=255)
tctcTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACTCGCGGGCAAACa < 1:1488162/53‑1 (MQ=255)
tctcTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGAttt < 1:774631/68‑1 (MQ=255)
tctcTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGAttt < 1:3222788/68‑1 (MQ=255)
tctcTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGAttt > 1:937206/1‑68 (MQ=255)
tctcTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTtg > 1:638316/1‑69 (MQ=255)
tctcTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTtg > 1:2195132/1‑69 (MQ=255)
tctcTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTtg > 1:2211060/1‑69 (MQ=255)
tctcTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTtg > 1:2695291/1‑69 (MQ=255)
tctcTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTtg > 1:1152322/1‑69 (MQ=255)
ggTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAg < 1:2895379/69‑1 (MQ=255)
ggTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAg < 1:1574263/69‑1 (MQ=255)
ggTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAg < 1:1776302/69‑1 (MQ=255)
ggTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAg < 1:1159458/69‑1 (MQ=255)
ggTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAg < 1:2861643/69‑1 (MQ=255)
ggTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAg < 1:307788/69‑1 (MQ=255)
|
AAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAG > minE/1010576‑1010706
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
