Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,053,407 |
A→G |
38.5% |
S69P (TCA→CCA) |
ydhL ← |
conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,053,407 | 0 | A | G | 38.5%
| 69.3
/ 92.7
| 135 | S69P (TCA→CCA) | ydhL | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/50); new base G (42/10); total (75/60) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.37e-01 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
AGATATGAGAGGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGGCGCAGC > minE/1053341‑1053462
|
aGATATGAGAGGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGAc < 1:412919/68‑1 (MQ=255)
agagGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:1017259/69‑1 (MQ=255)
agagGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:896394/69‑1 (MQ=255)
agagGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:2033915/69‑1 (MQ=255)
agagGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:1556415/69‑1 (MQ=255)
agagGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:3122789/69‑1 (MQ=255)
gaggagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:428228/68‑1 (MQ=255)
gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt > 1:1586173/1‑65 (MQ=255)
gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTAttt > 1:2949417/1‑69 (MQ=255)
gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTAttt > 1:2100708/1‑69 (MQ=255)
gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTAttt > 1:25901/1‑69 (MQ=255)
gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTAttt > 1:1745515/1‑69 (MQ=255)
gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTAttt > 1:3140797/1‑69 (MQ=255)
taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:2361698/1‑68 (MQ=255)
taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:2371047/1‑68 (MQ=255)
taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:1946984/1‑68 (MQ=255)
taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:2672503/1‑68 (MQ=255)
taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:2917271/1‑68 (MQ=255)
taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:980225/1‑68 (MQ=255)
taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:154202/1‑68 (MQ=255)
taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:3104286/1‑68 (MQ=255)
taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:2272633/1‑68 (MQ=255)
taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcg > 1:2747607/1‑67 (MQ=255)
cGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGAc < 1:2669592/50‑1 (MQ=255)
cGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGAc < 1:639218/50‑1 (MQ=255)
aaGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:533448/55‑1 (MQ=255)
gATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTg < 1:2348615/69‑1 (MQ=255)
gATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTg < 1:3054830/69‑1 (MQ=255)
ttAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCTGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAAttt > 1:652697/1‑66 (MQ=255)
ttAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTgcg > 1:2339097/1‑69 (MQ=255)
ttAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTgcg > 1:2220841/1‑69 (MQ=255)
ttAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTgcg > 1:1926151/1‑69 (MQ=255)
ttAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTgcg > 1:3228740/1‑69 (MQ=255)
ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCAtt < 1:2243230/68‑1 (MQ=255)
ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:2494505/69‑1 (MQ=255)
ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:2843479/69‑1 (MQ=255)
ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:983165/69‑1 (MQ=255)
ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:468465/69‑1 (MQ=255)
ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:3347903/69‑1 (MQ=255)
ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:3223048/69‑1 (MQ=255)
ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:2212034/69‑1 (MQ=255)
ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:1562314/69‑1 (MQ=255)
ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:1883397/69‑1 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACTCGTaa > 1:1694717/1‑54 (MQ=38)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTaa > 1:1524646/1‑54 (MQ=38)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATc > 1:1223560/1‑68 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2173437/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:599426/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:1119663/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:1083129/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:3307834/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:1694820/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:1803228/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:1836816/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2632797/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:205894/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2451220/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2013313/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2395309/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2416772/1‑69 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACTCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:894442/68‑1 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:2183384/68‑1 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:1104513/68‑1 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:936708/68‑1 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:1652598/68‑1 (MQ=255)
aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGGCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:121573/68‑1 (MQ=255)
aaaGAGTGAT‑GTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGc > 1:3394372/1‑69 (MQ=255)
aaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:2434502/67‑1 (MQ=255)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTAttta > 1:1077601/1‑36 (MQ=38)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTaa > 1:230123/1‑44 (MQ=37)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:847871/1‑51 (MQ=38)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:318504/1‑51 (MQ=38)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:668064/1‑51 (MQ=38)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:1237320/1‑51 (MQ=38)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:3286518/1‑51 (MQ=38)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:2259900/1‑51 (MQ=38)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:2610347/1‑51 (MQ=38)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:1023237/1‑51 (MQ=38)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:391159/1‑51 (MQ=38)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:2670275/1‑51 (MQ=38)
ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:114311/1‑51 (MQ=38)
gTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACaaa > 1:3120140/1‑69 (MQ=255)
gTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACaaa > 1:2982767/1‑69 (MQ=255)
gTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACaaa > 1:2479902/1‑69 (MQ=255)
gTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACaa > 1:1308642/1‑68 (MQ=255)
tGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAgg < 1:105585/69‑1 (MQ=255)
tGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAgg < 1:3026458/69‑1 (MQ=255)
tGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAgg < 1:724330/69‑1 (MQ=255)
ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGgcgc < 1:1013384/68‑1 (MQ=255)
ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGgcgc < 1:1448926/68‑1 (MQ=255)
ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGgcgc < 1:3074220/68‑1 (MQ=255)
ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGgcgc < 1:1754555/68‑1 (MQ=255)
ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGgcgc < 1:2187714/68‑1 (MQ=255)
ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCAGACAAAGgcgc < 1:1302213/68‑1 (MQ=255)
gtgcGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGGCgcagc < 1:2473829/65‑1 (MQ=255)
gTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAACGGCgcagc < 1:754322/68‑1 (MQ=255)
gTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGGCgcagc < 1:422176/68‑1 (MQ=255)
gTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGGCgcagc < 1:1984322/68‑1 (MQ=255)
gTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGGCgcagc < 1:2100917/68‑1 (MQ=255)
gatgaCGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:3339052/37‑1 (MQ=255)
|
AGATATGAGAGGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGGCGCAGC > minE/1053341‑1053462
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
