Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,063,821 |
A→G |
32.6% |
A387A (GCT→GCC) |
ydhP ← |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,063,821 | 0 | A | G | 32.6%
| 75.0
/ 50.0
| 95 | A387A (GCT→GCC) | ydhP | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/25); new base G (25/6); total (64/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AATCGCACGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACACCAGCAATAATGCCAGTCCCGCGAC > minE/1063754‑1063889
|
aaTCGCACGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTa > 1:415826/1‑68 (MQ=255)
tCGCACGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGc < 1:731638/68‑1 (MQ=255)
tCGCACGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGc < 1:1059437/68‑1 (MQ=255)
tCGCACGTTGCCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGc < 1:328514/68‑1 (MQ=255)
tCGCACGTTGCCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGc < 1:762656/68‑1 (MQ=255)
tCGCACGTTGCCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGc < 1:3107070/68‑1 (MQ=255)
tCGCACGTTGCCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGc < 1:2785917/68‑1 (MQ=255)
tCGCACGTTGCCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGc < 1:503827/68‑1 (MQ=255)
cGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCa < 1:154820/69‑1 (MQ=255)
cGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCa < 1:3230744/69‑1 (MQ=255)
cGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCa < 1:2787503/69‑1 (MQ=255)
cGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCa < 1:472456/69‑1 (MQ=255)
cGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCa < 1:3156818/69‑1 (MQ=255)
cGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCa < 1:1101730/69‑1 (MQ=255)
cGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCa < 1:2962558/69‑1 (MQ=255)
cGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCa < 1:1946971/69‑1 (MQ=255)
cGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCATTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCa < 1:349105/69‑1 (MQ=255)
gTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCa < 1:2882164/68‑1 (MQ=255)
aaCTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCa > 1:897343/1‑69 (MQ=255)
aaCTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCa > 1:3119072/1‑69 (MQ=255)
aaCTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCa > 1:2978872/1‑69 (MQ=255)
aaCTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCa > 1:3286481/1‑69 (MQ=255)
aaCTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCa > 1:2101108/1‑69 (MQ=255)
aaCTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCa > 1:911178/1‑69 (MQ=255)
aaCTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCa > 1:1242669/1‑69 (MQ=255)
aaCTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCa > 1:2452286/1‑69 (MQ=255)
aCGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGgttgtt < 1:1317604/69‑1 (MQ=255)
aCGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGgttgtt < 1:1814864/69‑1 (MQ=255)
aCGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGgttgtt < 1:1903455/69‑1 (MQ=255)
cGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGgttgtt < 1:1553010/68‑1 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:2958592/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:913930/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:2225272/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:2985569/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:3066804/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:3139939/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:3370604/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:3383294/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:478570/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:576795/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:684649/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:69658/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:735420/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:2094399/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:1940710/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:1870840/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:2037440/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:1861215/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:1429364/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:1624489/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:153706/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:1533775/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTGCTTCAGgttg > 1:1096136/1‑65 (MQ=255)
gCAGAAGGTTATCATTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGCAACGCAAACTgct > 1:1475669/1‑55 (MQ=255)
aaGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTGGc < 1:2886884/40‑1 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTgg > 1:1748618/1‑68 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTgg > 1:1959355/1‑68 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTgg > 1:1432292/1‑68 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTgg > 1:3020807/1‑68 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTgg > 1:1425658/1‑68 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTgg > 1:1512793/1‑68 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTgg > 1:829446/1‑68 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTgg > 1:2473808/1‑68 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTgg > 1:105280/1‑68 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTg > 1:1382053/1‑67 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTg > 1:641058/1‑67 (MQ=255)
aGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTAAATAAGCTGTTAGCAACGCaa > 1:1562422/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:2280194/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:1386283/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:532959/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:580327/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:621699/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:641090/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:354995/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:1132158/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:1520606/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:2220481/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:800318/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:1032865/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:2831675/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:2843127/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:2895050/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:1891766/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTg > 1:34041/1‑46 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGa < 1:455304/68‑1 (MQ=255)
tATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGa < 1:3285608/68‑1 (MQ=255)
tttttGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACACCAg < 1:749390/68‑1 (MQ=255)
tttttGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACACCAg < 1:220014/68‑1 (MQ=255)
tttttGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACACCAg < 1:2333277/68‑1 (MQ=255)
tGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACACCATCaat < 1:2029996/68‑1 (MQ=255)
tGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACACCAGCaat < 1:1784702/68‑1 (MQ=255)
tttAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGa < 1:2344910/50‑1 (MQ=255)
aGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACAcc < 1:264850/46‑1 (MQ=255)
aGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACAcc < 1:334931/46‑1 (MQ=255)
aGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACAcc < 1:2475622/46‑1 (MQ=255)
aGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACAcc < 1:2155264/46‑1 (MQ=255)
aGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACAcc < 1:2141428/46‑1 (MQ=255)
aGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACACCAGCAATAATGCCAGTCCCGCGa > 1:1039307/1‑68 (MQ=255)
aGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACACCAGCAATAATGCCAGTCCCGCGAc > 1:1593804/1‑69 (MQ=255)
aGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGAAATAAACAcc < 1:1364927/46‑1 (MQ=255)
|
AATCGCACGTTGTCAGCAACTGTAACGCAGAAGGTTATCCTTCTGCGTTTTTGTTTAATTAGCTGTTAGCAACGCAAACTGTTTCAGGTTGTTTTCTGGCTGACATAAACACCAGCAATAATGCCAGTCCCGCGAC > minE/1063754‑1063889
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
