Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,099,404 |
T→C |
48.3% |
L215L (TTA→CTA) |
ydiM → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,099,404 | 0 | T | C | 48.3%
| 4.6
/ 160.2
| 172 | L215L (TTA→CTA) | ydiM | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/22); new base C (35/48); total (102/70) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGACAA > minE/1099336‑1099469
|
tGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCt < 1:3352068/68‑1 (MQ=255)
tGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCt < 1:388178/68‑1 (MQ=255)
gTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta < 1:1660836/69‑1 (MQ=255)
gTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta < 1:1762484/69‑1 (MQ=255)
gTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta < 1:1455225/69‑1 (MQ=255)
gTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta < 1:1428108/69‑1 (MQ=255)
gTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta < 1:2241643/69‑1 (MQ=255)
gTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta < 1:2024809/69‑1 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:647840/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:1561722/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:1009630/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:141345/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:588076/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:2879768/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:744512/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:746942/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:3074500/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:1192487/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:2440440/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:2106947/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTatat > 1:2154980/1‑69 (MQ=255)
aTAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCACTTATTCCCTatat > 1:211602/1‑69 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGc > 1:2741665/1‑69 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGc > 1:2085212/1‑69 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGc > 1:3054277/1‑69 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGc > 1:1644387/1‑69 (MQ=255)
aaGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGc > 1:77839/1‑69 (MQ=255)
aaaaCCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCtat < 1:1380382/69‑1 (MQ=255)
caccaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc < 1:2197006/69‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAATATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:2330309/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:1622064/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:1088061/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:1141189/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:1323013/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:2242992/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:291788/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACATCGCTGTGCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:1598406/65‑1 (MQ=255)
accaGCTCTACGGAACACCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTatat < 1:2345038/65‑1 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATgg > 1:1679000/1‑68 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGc > 1:2642660/1‑69 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGc > 1:2647492/1‑69 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGc > 1:3260967/1‑69 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGc > 1:2980735/1‑69 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGc > 1:3131302/1‑69 (MQ=255)
ctctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGc > 1:3150125/1‑69 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc < 1:2182179/61‑1 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc > 1:84743/1‑61 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc > 1:1120743/1‑61 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc < 1:1295131/61‑1 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc < 1:1159800/61‑1 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc < 1:253995/61‑1 (MQ=255)
ctACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc > 1:2757329/1‑61 (MQ=255)
tACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATAtctc < 1:2608237/60‑1 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta > 1:911588/1‑44 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta > 1:262125/1‑44 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta > 1:2545035/1‑44 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTta > 1:3404886/1‑44 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:3388585/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:3264398/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:2391516/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:3089265/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:1223835/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:1041581/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:2091200/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGt > 1:1861153/1‑69 (MQ=255)
cGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATAACTta > 1:3310708/1‑44 (MQ=255)
gAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGttt > 1:708393/1‑69 (MQ=255)
gAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGttt > 1:1948862/1‑69 (MQ=255)
gTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTa < 1:3138372/69‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCGCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:5705/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:825359/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:494834/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:1368586/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:3409721/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:1605771/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:1702274/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:1228619/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:792249/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:3244185/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:1795235/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:2312266/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:241008/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:2796819/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:2677679/57‑1 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:1253224/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:637987/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:1461924/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:1708242/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGcc > 1:2034692/1‑69 (MQ=255)
cAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGc > 1:698785/1‑68 (MQ=255)
aaTTATCGATTTAGCCAGTTATTCCCTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGtttt < 1:1411146/56‑1 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCTACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACgg > 1:2572976/1‑67 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGa > 1:3176552/1‑68 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:1317883/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:391699/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:1712111/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:822864/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:884756/1‑69 (MQ=255)
ataCCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGAc > 1:1018454/1‑69 (MQ=255)
ccTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGACaa < 1:2188993/68‑1 (MQ=255)
|
CTGTCATAAAGAAAACCACCAGCTCTACGGAACATCGCTGTTCAATTATCGATTTAGCCAGTTATACCTTATATGGCTATATCTCAATGGCAACGTTTTATCTGGTTAGCCAGTGGCTGGCACAGTACGGACAA > minE/1099336‑1099469
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
